Byodyn. ein integratives Werkzeug für die Systembiologie.
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Byodyn. Ranking & Zusammenfassung

Byodyn. Stichworte

Biologie Systembiologie Bioinformatik Computergestützte Anweisung. Kai

Byodyn. Beschreibung

Ein integratives Werkzeug für die Systembiologie. Die byodyn-Software ist ein integratives Werkzeug für Systembiologie.Software-Paket für die Analyse von Paratemer-Landschaften in biologischen Netzwerken Eines der Hauptprobleme beim Aufbau solcher Modelle ist die Ermittlung der Parameter, die jedem modellierten Prozess zugrunde liegen. Byodynn wurde entwickelt, um ein leicht ausziehbares Rechenrahmen zur Schätzung und Analyse von Parametern in sehr uncharakterisierten Modellen bereitzustellen. Beinodieren beinhaltet ein Satz von Werkzeugen auf 1) Integration gewöhnlicher Differentialgleichungen (ODES), einschließlich Systeme mit Ereignissen, Regeln (differentielle algebraische Gleichungen, DAE ) und Verzögerungen aus einem bestimmten biologischen Modell errichtet; 2) Global optimieren Sie die Parameter, die in die bereitgestellten experimentellen Informationen passen, und bewerten die Empfindlichkeit des Modells in Bezug auf die verschiedenen Parameter; und 3) Fügen Sie die Empfindlichkeit der Parameter in eine optimale experimentelle Designpipeline ein. Das Programm nutzt externe Software, wodurch ein Python-Bindungsschema bereitstellt, mit dem der Benutzer neue Software im gewünschten Berechnungsprotokoll einfach implementieren kann. Das Programm profitiert von seiner Schnittstelle mit der SBML-Bibliothek, die die Kommunikation mit anderen vorhandenen Werkzeugen auf dem Feld gewährleistet Und es bietet ewige Bindemittel OpenModelica und Oktave. Das Programm wurde in Linux Fedora und in Mac OS X-Plattformen getestet, die in einer Platform-LSF-Raster-Umgebung und auf einem Slurm + Moab-Planungssystem parallelisiert wurde. BYODYNN-Code und vollständige Dokumentation finden Sie unter http://cbbl.imim.es/byodyn. Was ist neu in dieser Version: · Die Tabelle über Anforderungen und Funktionen Relation (Tabelle 1) in der InstallationGuide hatte einige Fehler. · Ein Fehler beim Erstellen von Dokumentationsskript behoben, wurden Referenzen nicht berücksichtigt. · Matpllotlib-Figuren zeigen die Legende aus dem Rahmen für Klarheit. · Die Auflösung der Matpllotlib-Zahlen wurde auf 1200 dpi eingestellt, was sie zu groß machte. Der Standardwert ist 80 dpi, die stattdessen verwendet wird. · Eine neue Funktionalität namens "Ranketargets" implementiert in byodyn. Es bewertet den Betrag, der die mit jedem Zielpunkt zugeordnete Identifikationsfähigkeit in Verbindung stimmt. · Zahlen zur Dokumentation stehen jetzt im PNG-Format, um die Größe des Verzeichnisses zu reduzieren. · Neue Umsetzung für Figuren des optimalen experimentellen Designs. Die Informationen von "AddNewpoint" werden als Spektren aufgetragen. · Optimale experimentelle Konstruktionsergebnisse sind in logarithmischer Ebene dargestellt. · Skalieren als Farbfelder, die zu Matrix-Parzellen hinzugefügt wurden. · Fehler beim Festhalten von Graphen nach dem Speichern der Matpllotlib-Figuren behoben. · Hinzufügen von Farbskala für Rangziel-Ziel-optimale experimentelle Konstruktionsdiagramme. · Fehler behoben, wenn der SBML mit den Optimierungsergebnissen gespeichert wurde.

Byodyn. Zugehörige Software