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Protein-Funktionsanalyse durch Anreicherung und Abbau von Varianten
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  • Rating:
  • Lizenz:
  • BSD License
  • Name des Herausgebers:
  • Douglas M. Fowler
  • Website des Verlags:
  • http://depts.washington.edu/

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Bereichern Beschreibung

Protein-Funktionsanalyse durch Anreicherung und Abbau von Varianten Anreicher ist ein Python-Tool zum Analysieren hoher Durchsatz-Sequenzierungsdaten von einem Paar nicht ausgewählter und ausgewählter Bibliotheken, um Fitnessvorrichtungen für Protein- oder DNA-Varianten in jeder Bibliothek zu erstellen. In jeder Bibliothek Hohe Durchsatz-Sequenzierungsdaten, um Proteinsequenz-Funktionsbeziehungen zu bewerten. Anreicher nimmt FastQ-Dateien als eingegeben, übersetzen und identifizieren einzigartige Proteinsequenzen und Berechnen von Anreicherungsverhältnissen zwischen Bibliotheken für jede Reihenfolge. Bereicheranreicher kann von der Befehlszeile oder in einem interaktiven Modus ausgeführt werden und kann gepaarte Leserdaten verwenden. Jeder Schritt der Pipeline kann separat ausgeführt werden, oder die gesamte Abfolge von Schritten kann nacheinander ausgeführt werden. Anreicher beschäftigt DRMAA parallelen zeitaufwändige Aufgaben. Eine Beschreibung der Anreichergabeeingabe, -funktion und -ausgabe finden Sie in den folgenden Publikationen: Hochauflösende Abbildung von Proteinsequenz-Funktionsbeziehungen. Fowler DM, Araya Cl, Fleishman SJ, Kellogg EH, Stephany JJ, Baker D, Felder S. NAT-Methoden. 2010 Sep; 7 (9): 741-6. EPUB 2010 August 15. Deep Mutational Scan: Die Bewertung der Proteinfunktion auf massiver Skala. Araya Cl, Fowler DM. Trends Biotechnologie. 2011. Mai 9. Mai 9. Proteinfunktionsanalyse durch Anreicherung und Erschöpfung von Varianten (Anreicher). FOWLER DM, ARAYA CL, Felder S. Manuskript in der Vorbereitung (E-Mail D. Fowler für eine Kopie) .DocumentationBeadRead Die DokumentationInstallationenrich wird mit dem EASY_INSTALL-Modul installiert, das Teil von Setzools ist. Anweisungen finden Sie in der Dokumentation, wie Sie Easy_install verwenden, um Anreicher zu installieren. Anforderungen: · Python


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