BIO :: SEQFeature :: Werkzeuge :: Unglattung

BIO :: SEQFeature :: Tools :: UnfLAMTENER ist ein Perl-Modul, das die flache Liste der generierenden Genbanks-Funktionen darstellt.
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BIO :: SEQFeature :: Werkzeuge :: Unglattung Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Perl Artistic License
  • Preis:
  • FREE
  • Name des Herausgebers:
  • Chris Mungall
  • Website des Verlags:
  • http://search.cpan.org/~birney/

BIO :: SEQFeature :: Werkzeuge :: Unglattung Stichworte


BIO :: SEQFeature :: Werkzeuge :: Unglattung Beschreibung

BIO :: SEQFeature :: Tools :: UnfLATTENER ist ein Perl-Modul, das die flache Liste der genannten Genbank-Sourced-Funktionen darstellt. BIO :: SEQFeature :: Tools :: UnfLATTENER ist ein Perl-Modul, das eine flache Liste der generierten Genebank-Beschaurigungsmerkmale in eine verschachtelte SEQFEATUREI-Hierarchie darstellt. Verwenden Sie BIO :: SEQFeature :: Werkzeuge :: Unglattung; # Generieren Sie ein UNFLATTENEN-Objekt $ UNFLATTEEN = BIO :: SEQFeature :: Tools :: Unlicker-> Neu; # Erster Abrufen eines Genbanks SEQI-Objekt $ SEQIO = BIO :: SEQIO-> NEU (-Fe => 'AE003644.GBK', -Format => 'Genbank'); mein $ out = bio :: seqio-> neu (-Format => 'asciitree'); ($ SEQ = $ SEQIO-> next_seq ()) {# Get Top Level UnfLATTED SEQFEATUREI-Objekte $ UNFLATTENER-> UNFLatten_Seq (-Seq => $ SEQ, -use_magic => 1); $ out-> write_seq ($ seq); @top_sfs = $ seq-> get_seqfeatures; FOREACH MEIN $ SF (@top_sfs) {# Tun Sie etwas mit hochrangigen Funktionen (z. B. Gene)}} Die meisten Genbank-Einträge für kommentierte genomische DNA enthalten eine flache Liste der Funktionen. Diese Funktionen können in eine gleichwertige flache Liste von BIO :: SEQFEATUREI-Objekten mit den Standard-BIO :: SEQIO-Klassen analysiert werden. Es ist jedoch oft wünschenswert, diese Liste in etwas, das tatsächliche Gen-Modelle ähnelt, in denen Gene, MRNAs und CDs, die gemäß der Art des Gen-Modells verschachtelt sind. Das Bioperl-Objektmodell ermöglicht es uns, diese Art von Assoziationen zwischen SEQFeaturen in zu speichern Containment-Hierarchien - ein beliebiges SEQFeaturei-Objekt kann verschachtelte SEQFeaturei-Objekte enthalten. Die BIO :: SEQFeature :: Tools :: Unglättungserobjekt erleichtert den Bau dieser Hierarchien von der zugrunde liegenden GENBANK-Flat-Funktionsliste. Anforderungen: · Perl.


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