BIO :: Index :: FASTA BIO :: Index :: FASTA ist eine Perl-Schnittstelle für Indexierung (mehrfache) FASTA-Dateien.
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Perl-Modul Indizierung Perl-Schnittstelle. Bio. Fasta FASTA INDECING.

BIO :: Index :: FASTA Beschreibung

BIO :: Index :: FASTA ist eine Perl-Schnittstelle für Indexierung (mehrere) FASTA-Dateien. BIO :: Index :: FASTA ist eine Perl-Schnittstelle für die Indexierung (mehrere) FASTA-Dateien.Synopsis # Vollständiger Code zum Erstellen eines Index für mehrere # FASTA-Dateien verwenden BIO :: Index :: FACHEA; Verwenden Sie streng; mein $ index_file_name = Shift; MEIN $ INX = BIO :: Index :: FASTA-> NEU ('-Filename' => $ Index_File_name, '-write_flag' => 1); $ INX-> make_index (@argv); # Ausdrucken mehrerer Sequenzen, die in der Index # im FASTA-Format vorhanden sind, verwenden Sie BIO :: Index :: FASTA; Verwenden Sie streng; mein $ index_file_name = Shift; MEIN $ INX = BIO :: Index :: FASTA-> NEU ('- Dateiname' => $ Index_File_name); mein $ out = bio :: seqio-> neu ('- Format' => 'Fasta', '- FH' => * stdout); FOREACH MEIN $ ID (@ARGV) {MEINE $ SEQ = $ INX-> FETCH ($ ID); # Gibt BIO :: SEQ-Objekt $ out-> write_seq ($ seq); } oder alternativ meine $ ID; Meine $ SEQ = $ InX-> get_seq_by_id ($ ID); #identisch zu Fetchhershits-Funktionen zum Verwalten von DBM-Dateien von BIO :: Index :: abstract.pm, und bietet die grundlegende Funktionallität für die Indexierung von Fasta-Dateien und das Abrufen der Reihenfolge von ihnen. Für beste Ergebnisse 'Nutzen strict'.bio :: Index :: FACHEA unterstützt die BIO :: DB :: Bioseqi-Schnittstelle, dh er kann als Sequenzdatenbank für andere Teile von Bioperldetails auf der Konfiguration verwendet werden, und ein zusätzlicher Beispielcode ist in der verfügbar BIODATABASES.POD-Datei, Skripts / Index / * PLS und in Bptutorial.pl.Note, die standardmäßig der Schlüssel für die Sequenz der erste kontinuierliche Zeichenfolge nach dem '>' im FASTA-Header ist. Wenn Sie einen bestimmten Teilstring des FASTA-Headers verwenden möchten, müssen Sie die ID_PARSER () -Methode verwenden. Anforderungen: · Perl.

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