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BIO :: Graphics :: Glyphe :: Segmente ist ein Perl-Modul, das die GLYPH 'Segmente' übernimmt. BIO :: Graphics :: GLYPH :: Segmente ist ein Perl-Modul, das die "Segmente" glypph.synopsis ansehen. für Zeichnungsmerkmale, die aus diskontinuierlichen Segmenten bestehen. Im Gegensatz zu "Graded_segments" oder "Alignment" sind die Segmente eine einheitliche Farbe und nicht von der Punktzahl des Segments des Segments. Dies bedeutet, dass Module, die von Segmenten erben, nur mit einer Ebene von Unterbereitungen dargestellt werden. Überschreiben Sie die maxDepth () -Methode, um mehr Ebenen zu erhalten. Die folgenden Optionen sind Standard unter allen Glyphen. Siehe BIO :: Graphics :: GlypheL für eine volle Erklärung. Option Beschreibung Standard --------------------------FGColor Vordergrundfarbe schwarz-uplinecolor Synonym für -fgcolor -bgcolor Hintergrund Farbe Türkis -Fillcolor Synonym für -bgcolor - LineWidth Line Breite 1 -Heighöhe von Glyph 10 -Font Glyph Font GDSMallfont-Connector-Anschluss Typ 0 (False) -Connector_Color-Anschluss Farbe Black-label, ob ein Etikett 0 (false) -Description zeichnet, ob eine Beschreibung 0 (FALSE) Zeichnen soll -Rand_arrow Gibt an, ob Sie 0 (FALSE) SHANDNUNG - HILITE HIGHLIGHT Farbe undef (keine Farbe) angeben zu können -Draw_target Wenn TRUE, Zeichnen Sie die DNA-Reste 0 (FALSE) der Zielsequenz, wenn das Vergrößerungsgrad erlaubt. Siehe "Anzeigen von Ausrichten". -Draw_protein_target Wenn TRUE, Zeichnen Sie die Proteinreste 0 (FALSE) der Zielsequenz, wenn das Vergrößerungsgrad erlaubt. Siehe "Anzeigen von Ausrichten". -Ragged_extra Wenn Sie mit -Draw_target kombiniert werden, ziehen Sie 0 (false) zusätzliche Basen über das Ende der Ausrichtung hinaus. Der Wert ist die maximale Anzahl zusätzlicher Basen. Siehe "Anzeigen von Ausrichten". -Ragged_start veraltete Option. Verwenden Sie -Ragged_extra statt -Show_mismatch Wenn Sie mit -draw_target kombiniert werden, hebt 0 (false) nicht übereinstimmende Basen in der Mismatch-Farbe. Siehe "Anzeigen von Ausrichten". -Mismatch_Color Die Mismatch-Farbe zur Verwendung von 'lightgrey' -tRue_target Zeigen Sie die Ziel-DNA in seiner nativen 0 (FALSE) (FALSE) (Plus-Strang) -Orioration, auch wenn die Ausrichtung zum Minusstrang ist. Siehe "Anzeigen von Ausrichten". -Realign-Versuch, Sequenzen bei 0 (FALSE) High MAG neu auszurechnen, um an Indels zu berücksichtigen. Siehe "Anzeigen von Ausrichten". Wenn das Flag-Draw_DNA auf einen echten Wert eingestellt ist, wenn die Vergrößerung hoch genug ist, wird die zugrunde liegende DNA-Sequenz angezeigt. Diese Option ist mit -Draw_target gegenseitig exklusiv. Siehe BIO :: Graphics :: GLYPH :: Generic für weitere Details.Der-Draw_target, -Ragged_extra und -show_mismatch-Optionen funktionieren nur mit SEQFeatures, die die Treffer-Methode () (BIO :: SEQFeature :: ÄhnigyPair) umsetzen. -Draw_target führt dazu, dass die DNA der Trefferfolge angezeigt wird, die angezeigt wird, wenn die Vergrößerung hoch genug ist, um einzelne Basen zu ermöglichen. Die Option -Ragged_extra wird dazu führen, dass die Ausrichtung an den extremen Enden durch die angegebene Anzahl von Basen verlängert wird, und ist nützlich, um nach Polyas- und Klonierungsstellen an den Enden von ests und cdnas zu suchen. -Show_Mismatch wird dazu führen, dass nicht übereinstimmende Basen mit der von -mismatatch_color angegebenen Farbe hervorgehoben werden soll. der Quell-DNA). Wenn Sie lieber die tatsächliche Reihenfolge des Ziels sehen möchten, wie er im Minus-Strang erscheint, dann set -true_target auf true.note, dass -true_target die entgegengesetzte Bedeutung von -canonical_strand hat, die in Verbindung mit -draw_DNA verwendet wird, um den Minusstrang zu zeichnen Funktionen, als ob sie auf dem Plus-Strang erscheinen. Anforderungen: · Perl.

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