BIO :: Grafik :: Panel BIO :: Graphics :: Panel ist ein Perl-Modul, um GD-Bilder von BIO :: SEQ-Objekten zu generieren.
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BIO :: Graphics :: Panel ist ein Perl-Modul, um GD-Bilder von BIO :: SEQ-Objekten zu generieren. BIO :: Graphics :: Panel ist ein Perl-Modul, um GD-Bilder von BIO :: SEQ Objects.Synopsis # zu generieren. Rufen Sie es so an: # render.pl my_file.embl | Anzeige - Verwenden Sie streng; Verwenden Sie BIO :: Grafiken; Verwenden Sie Bio :: SEQIO; Meine $ Datei = Schicht oder Matrize "Geben Sie eine Sequenzdatei als Argument bereit"; mein $ io = bio :: seqio-> neu (-file => $ file) oder sterben "konnte nicht bio :: seqio" erstellen; Meine $ SEQ = $ io-> next_seq oder sterben "konnte keine Sequenz in der Datei finden"; Meine @Features = $ SEQ-> All_SeqFeatures; # Sortierfunktionen durch ihre primären Tags my% sortiert_Featuren; für meine $ f (@Features) {My $ tag = $ f-> primär_tag; Push @ {$ sortiert_features {$ tag}}, $ f; } mein $ Panel = BIO :: Graphics :: Panel-> NEU (-Length => $ seq-> länge, -key_style => 'zwischen', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10,); $ Panel-> add_track (arrow => bio :: seqfeature :: generic-> neu (-start => 1, -end => $ seq-> länge), -bump => 0, -double => 1, - tick => 2); $ Panel-> Add_track (Generic => BIO :: SEQFeature :: generic-> neu (-start => 1, -end => $ SEQ-> Länge), -Glyphe => 'generisch', -bgcolor => ' blau ', -label => 1,); # Allgemeiner Fall My @colors = QW (Cyan Orange Blau lila grüne Chartreuse Magenta Gelb Aqua); mein $ idx = 0; für mein $ -Tag (Sortieren von Tasten% sortiert_Features) {Meine $ Funktionen = $ sortiert_features {$ tag}; $ Panel-> Add_track ($ Funktionen, -Glyph => 'generisch', -bgcolor => $ farben , -fgcolor => 'schwarz', -font2color => 'rot', -key = > "$ {Tag} s", -bump => +1, -Height => 8, -Label => 1, -description => 1,); } Drucken $ Panel-> png; $ Panel-> fertig; Exit 0; Die BIO :: Graphics :: Panel-Klasse bietet Zeichnungs- und Formatierungsdienste für jedes Objekt, das die BIO :: SEQFEATUREI-Schnittstelle implementiert, einschließlich ACE :: Sequenz :: Feature und DAS :: Segment :: Feature-Objekte. Es kann verwendet werden, um Sequenzanmerkungen, physikalische (Contig-) Karten oder eine andere Art von Karte zu zeichnen, in der ein Satz diskreter Bereiche auf der Zahlenlinie angeordnet werden müssen. Das Modul unterstützt einen Zeichnungsstil, in dem jede Art der Funktion belegt einen diskreten "Track", der die Breite des Displays überspannt. Jeder Track verfügt über eine eigene markante "Glyphe", eine konfigurierbare grafische Darstellung der Funktion. Das Modul unterstützt auch einen flexibleren Stil, in dem mehrere verschiedene Funktionstypen und die zugehörigen Glyphen denselben Track einnehmen können. Die Wahl von Glyphe ist unter Laufzeitsteuerung. Das Modul verfügt über eingebauter Unterstützung für BIO :: DAS-Stylesheets, und die styleshesineset-gesteuerte Konfiguration kann mit einem semantischen Zoomen gemischt werden, falls gewünscht. Sie können den generierten Bild mit einem von zwei Schlüsselarten einen Schlüssel hinzufügen. Ein Stil legt die Schlüsselunterschriften oben auf jeder Titel. Der andere Stil erzeugt einen grafischen Schlüssel am unteren Rand des Bildes.note, dass dieses Modul von gd abhängt. Der optionale SVG-Ausgang hängt von GD :: SVG und SVG.Requirements ab: · Perl Anforderungen: · Perl.

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