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Perl-Modul Implementierung In-Memory-Implementierung in Erinnerung

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: Speicher Beschreibung

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: Speicher ist eine In-Memory-Implementierung von BIO :: db :: seqfeature :: Shop. BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: Speicher ist eine In-Memory-Implementierung von BIO :: db :: seqfeature :: Shop.Synopsis Verwenden Sie Bio :: db :: seqfeature :: speichern; # Öffnen Sie die Sequenzdatenbank My $ db = bio :: db :: seqfeature :: store-> neu (-adptor => 'speicher', -dsn => '/ var / datenbanken / test'); # Suche ... by ID My @Features = $ db-> fetch_many (@list_of_ids); # ... nach Namen @Features = $ db-> get_features_byname ('zk909'); # ... by alias @Features = $ db-> get_features_by_alias ('sma-3'); # ... nach Typ @Features = $ db-> get_features_by_name ('Gen'); # ... nach Standort @Features = $ db-> get_features_by_location (-Seq_id => 'chr1', - starten => 4000, -end => 600000); # ... by Attribute @Features = $ db-> get_features_by_attribute ({Beschreibung => 'Protein Kinase'}) # ... von der GFF "Note" Field @Result_list = $ db-> suche_notes ('kinase'); # ... durch willkürliche Kombinationen von SELECTORS @Features = $ db-> Funktionen (-Name => $ Name, -Type => $ typen, -Seq_id => $ SEQID, -Start => $ Start, -END => $ enden, -attributes => $ Attribute); # ... Verwenden eines Iterators My $ iterator = $ db-> get_seq_stream (-Name => $ Name, -Type => $ typen, -Seq_id => $ SEQID, -Start => $ Start, -END => $ Ende, -attributes => $ Attribute); Während (My $ Feature = $ iterator-> next_seq) {# tue etwas mit der Funktion} # ... Begrenzung der Suche in eine bestimmte Region My $ Segment = $ db-> Segment ('CHR1', 5000 => 6000) ; Meine @Features = $ Segment-> Funktionen (-Type => ); # Erhalten und Speichern von Sequenzinformationen # WARNUNG: Dadurch wird eine Zeichenfolge zurückgegeben, und nicht ein primärseq-Objekt $ dB-> Insert_Sequence ('chr1', 'gatccccccgggattccaaaa ...'); meine $ sequence = $ db-> fetch_equence ('chr1', 5000 => 6000); # Erstellen Sie eine neue Funktion in der Datenbank Meine $ Feature = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mRNA', -Seq_Id => 'chr3', -start => 10000, -end => 11000); Anforderungen: · Perl.

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