BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3LOADER BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3Loader ist ein GFF3-Dateilader für BIO :: db :: seqfeature :: Shop.
Jetzt downloaden

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3LOADER Ranking & Zusammenfassung

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3LOADER Stichworte

Perl-Modul Lader GFF3 Loader. GFF3

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3LOADER Beschreibung

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3Loader ist ein GFF3-Dateilader für BIO :: db :: seqfeature :: Shop. BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3Loader ist ein GFF3-Dateilader für BIO :: db :: SEQFeature :: Shop.Synopsis Verwenden Sie BIO :: db :: seqfeature :: shore; # Öffnen Sie die Sequenzdatenbank My $ db = bio :: db :: seqfeature :: store-> neu (-adptor => 'dbi :: mysql', -dsn => 'dbi: mysql: test', -write => 1); Mein $ loader = bio :: db :: seqfeature :: store :: gff3loader-> neu (-store => $ db, -verbose => 1, -Aufness => 1); $ loader-> laden ('./ my_genome.gff3'); das bio :: db :: seqfeature :: shore :: gff3loader objekt parsers gff3-format sequence Annotation-Dateien und Ladungen BIO :: db :: seqfeature :: Shop-Datenbanken . Für bestimmte Kombinationen von SEQFeaturs-Klassen und SEQFeature :: Speicherdatenbanken verfügt er über einen "Schnelllast" -Modus, der das Laden von GFF3-Datenbanken um einen Faktor von 5-10 beschleunigt. Das GFF3-Dateiformat wurde sehr leicht erweitert, um Bio aufzunehmen: : Db :: seqfeature :: store. Erstens erkennt der Lader eine neue Richtlinie: # # Index-Subfeatures Beachten Sie, dass Sie einen Speicherplatz zwischen den beiden # 's platzieren können, um zu verhindern, dass GFF3-Validatoren sich aufklagen. Wenn dies trifft, sind Subfeatures indiziert (Standardeinstellung), damit sie mit einer Abfrage abgerufen werden können. Siehe BIO :: db :: seqfeature :: Laden Sie für eine Erklärung davon. Wenn false, können Unterfunktionen nur über ihre übergeordnete Funktion aufgerufen werden. Der Standardwert ist das Indexieren aller Subfeatures.second, der Loader erkennt ein neues Attribut-Tag namens Index, der falls vorhanden ist, die Indizierung der aktuellen Funktion steuert. Beispiel: CTG123. TF_BINDING_SITE 10001012. +. ID = TFBS00001; Index = 1Sie können Sie verwenden, um die Indizierung ein- und auszuschalten, und den Standardwert für ein bestimmtes Feature überschreiben. Titel: Neue Verwendung: $ loader = bio :: db :: seqfeature :: store :: gff3loader-> neu (@options) Funktion: Erstellen eines neuen Parser-Rücksendungen: A bio :: db :: seqfeature :: Shop :: GFF3LOADER GFF3-Parser- und Loader-Args: Mehrere - siehe unten Status: PublicThis-Methode Erstellt einen neuen GFF3-Loader und stellt seine Verbindung mit Eine BIO :: db :: seqfeature :: speicherndatenbank. Argumente sind -Name => $ Value-Paare, wie in dieser Tabelle beschrieben: Name Wert ---- ----- -Store Ein beschreibbarer BIO :: db :: seqfeature :: Datenbankgriff speichern. -SeqFeature_Class Der Name der Art des BIO :: SEQFEATUREI-Objekts, um in der Datenbank zu erstellen und zu speichern (BIO :: db :: SEQFeature standardmäßig) -SF_CLASS Ein kürzerer Alias für -SeqFeature_Class -verbose Senden Sie Fortschrittsinformationen zum Standardfehler. - Schnell, falls true, schneller Laden aktivieren (siehe unten) -Chunk_Size Setzen Sie die Speicherklunkgröße für Nukleotid- / Proteinsequenzen (Standard 2000 Bytes) -TMP, zeigen ein temporäres Verzeichnis an, das beim Laden nicht normalisierter Funktionen verwendet wird. · Perl.

BIO :: DB :: SEQFeature :: Shop :: GFF3LOADER Zugehörige Software