BIO :: DAS.

Schnittstelle zum verteilten Annotationssystem
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BIO :: DAS. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Perl Artistic License
  • Preis:
  • FREE
  • Name des Herausgebers:
  • Lincoln D. Stein
  • Website des Verlags:
  • http://search.cpan.org/~lds/

BIO :: DAS. Stichworte


BIO :: DAS. Beschreibung

Schnittstelle zum verteilten Annotationssystem BIO :: Das ist ein Perl-Modul, das Zugriff auf Genom-Sequenzing- und Anmerkungsdatenbanken bietet, die ihre Daten in das Distributed-Annotationssystem (DAS) -Fraf Version 1.5 exportieren. Dieses System wird unter http://biodas.org beschrieben. Beide unverschlüsselt (http :) und SSL-verschlüsselt (https :) -DAS-Server werden unterstützt. (Um SSL auszuführen, benötigen Sie IO :: Socket :: SSL und Net :: ssleay installiert) .Synopsis Verwenden Sie BIO :: DAS; # Serielle API meine $ DAS = BIO :: DAS-> NEU (-Source => 'http://www.wormbase.org/db/das', -dsn => 'elegans', -aggregators => ); Mein $ Segment = $ Das-> Segment ('CHR1'); meine @Features = $ Segment-> Funktionen; mein $ dna = $ segment-> dna; # Parallele API # Erstellen Sie einen neuen DAS-Agenten mit einem Timeout von 5 Sek. My $ DAS = BIO :: DAS-> NEU (5); # Abrufen von Merkmalen von Wormbase Live- und Entwicklungsservern, die zwei Segmente auf Chromosom i My @REQUEST = $ DAS-> Funktionen (-DSN => , -Segment => , -Segment => , -callback => Sub {My $ Feature = Shift; mein $ Segment = $ Feature-> Segment; mein ($ Start, $ ENDE) = ($ Feature-> Start, $ Feature-> ENDE); Drucken "$ Segment => $ Feature ($ Start, $ End) "; } ); Anforderungen: · Perl.


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