Chemie :: MidaSader.

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Chemie :: MidaSader. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Perl Artistic License
  • Preis:
  • FREE
  • Name des Herausgebers:
  • Ivan Tubert-Brohman
  • Website des Verlags:
  • http://search.cpan.org/~itub/

Chemie :: MidaSader. Stichworte


Chemie :: MidaSader. Beschreibung

Wählen Sie Atome in Makromolekülen aus Chemie :: MidaMattern ist ein Perl-Modul, um Atome in Macromolecules auszuwählen. Verwenden Sie Chemie :: Datei :: PDB; # Lesen Sie ein Molekül My $ mol = Chemie :: Macromol-> Lesen ("test.pdb"); # Definieren Sie ein Muster-Matching Carbons Alpha und Beta # in allen Valin-Resten Meine $ str = ': val @ ca, cb'; Meine $ Patt = Chemie :: MidaTadern-> NEU ($ STR); # Wenden Sie das Muster an das Molekül $ Patt-> Match ($ Mol); # Extrahieren Sie die Ergebnisse für mein $ Atom ($ Patt-> atom_map) {printf "% s% s ", $ Atom-> attr (" pdb / residue_name "), $ atom-> name;} printf" gefundene% d-Atome ", Skalar ($ patt-> atom_map); Dieses Modul implementiert teilweise einen Musteranpassungsmotor zum Auswählen von Atomen in Makromolekülen mithilfe von MIDAS / CHIMERA-Mustern. Siehe http://www.cmpharm.ucsf.edu/~trayer/troff2html/midas /Midas-uh-3.html#sh-2.1 Eine ausführliche Beschreibung dieser Sprache.Dieses Modul teilt dieselbe Schnittstelle wie Chemistry :: Muster; Um einen Musteranpassungsvorgang auf einem Molekül durchzuführen, folgen Sie diesen Schritten.1) Musterobjekt, indem Sie eine Zeichenfolge analysieren. Nehmen wir an, das Musterobjekt wird in $ Patt gespeichert und das Molekül Mol.2) Führen Sie das Muster auf dem Molekül aus, indem Sie $ Patt-> Match ($ MOL) .3) anrufen $ Patt-> Match () gibt TRUE zurück, extrahieren Sie die "MAP", die das Muster an das Molekül betrifft, indem Sie $ Patt-> atom_map anrufen. Diese Methode gibt eine Liste der Atome im Molekül zurück, die vom Muster angepasst sind. Somit $ Patt-> atom_map (1) wäre analog zu der 1-Dollar-Sondervariablen, die für regelmäßige Expressionsabgleich verwendet wird. Der Unterschied zwischen Chemie :: Muster und Perl regelmäßig ex Pressungen ist, dass Atome immer erfasst werden, und dass jedes Atom immer einen "Slot" verwendet. Anforderungen: · Perl.


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