Protest

Auswahl von Best-Fit-Modellen der Proteinentwicklung.
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Protest Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • GPL
  • Name des Herausgebers:
  • The University of Vigo
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 3.3 MB

Protest Stichworte


Protest Beschreibung

Prossest (relativ) von Protest (ModelTest) ist ein Programm zum Auswählen des Modells der Proteinentwicklung, das am besten zu einem bestimmten Satz von Sequenzen (Ausrichtung) passt. Zu den Modellen gehören empirische Substitutionsmatrizen (wie WAG, LG, MTREV, Dayhoff, DCMUT, JTT, VT, BLOSUM62, CPREV, RTRTR, MTMAM, MTART, HIVB, RTRW, MTMAM, MTART, HIVB und HIVW), die relative Raten des Aminosäurersatzers und spezifische Verbesserungen angeben (+ I: Unverlässigere Sites, + G: Heterogenität der Heterogenität von + G: Beachtung der beobachteten Aminosäurerfrequenzen), um die evolutionären Beschränkungen durch Erhaltung der Proteinstruktur und -funktion nicht zu berücksichtigen. Prossest verwendet das akaike Information-Kriterium (AIC) und andere Statistiken (AICC und BIC), um zu finden, dass der der Kandidatenmodelle am besten in die Daten passt. Gib Prosdest einen Versuch, seine Fähigkeiten vollständig zu beurteilen!


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