pknotsrg.

RNA-Falt- und thermodynamisches Matching-Dienstprogramm.
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pknotsrg. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • BiBiServ
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 936 KB

pknotsrg. Stichworte


pknotsrg. Beschreibung

pknotsrg ist ein Werkzeug zum Falten von RNA-Sekundärstrukturen, einschließlich der Klasse von einfachen rekursiven Pseudoknots. Das Programm läuft in o (n ^ 4) -Zeit und o (n ^ 2). Daher ist seine Anwendung hier auf der Bibiserv auf die Länge der Länge von bis zu 800 Basen beschränkt. Die Energieparameter für Strukturen, die keine Pseudoknots enthalten, sind die gleichen wie bei der tatsächlichen MFOLD 3.1. Die Falttemperatur ist auf 37 ° C fixiert. Derzeit sind drei verschiedene Modi verfügbar: pknotsrg-mFE: berechnet die Struktur von S (geknotet oder nicht) von minimalen freien Energie. pknotsrg-enf: erzwingt ein Pseudoknot: Es liefert die energetisch beste vollständige Struktur von s, die mindestens ein Pseudoknot irgendwo einschließt. pknotsrg-loc: Liefert das beste lokale Pseudoknot, das Element einer beliebigen Struktur von S sein kann, in der "am besten" durch freie Energie pro Nukleotid definiert ist. Der Rest von s bleibt entfaltet Holen Sie sich pknotsrg und nehmen Sie es für einen Spin, um zu sehen, was es tatsächlich für Sie tun kann!


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