Varscan

Identifizieren Sie einfach SNPs mit dieser Anwendung
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Varscan Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Dan Koboldt
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 77 KB

Varscan Stichworte


Varscan Beschreibung

Varscan ist ein Java-basiertes Tool, das speziell für ein Plattform- und technologieunabhängiges Nutzen ist, um SNPs und Indels in der massiv parallelen Sequenzierung einzelner und gepoolter Proben zu erkennen. Gegebene Daten für ein einzelnes Beispiel identifiziert und filtert und filtert Keimscheinvarianten basierend auf Lesezählungen, Basisqualität und Allelfrequenz. Gegebene Daten für ein Tumor-Normalpaar bestimmt varscan auch den somatischen Status jeder Variante (Keimbahn, somatic, oder loH), indem Lesezählungen zwischen den Proben verglichen werden. Haupteigenschaften: ruft SNPs und Indels von Samtools Pileup-Dateien an Filters Varianten nach Abdeckung, Lesetiefe, Variantenfrequenz und Basisqualität bestimmt den somatischen Status (somatische, Keimbahn, Loh) für tumor-normale Paare vergleicht, vereint, verschmilzt und schneidet zwei Variantenlisten Begrenzt Variante-Anrufe an einen Satz von Zielpositionen oder Zielregionen


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