Oligocheck Überprüfen Sie die Qualität der phylogenetischen Sonden und Primer-Sets
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Oligocheck Ranking & Zusammenfassung

Oligocheck Stichworte

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Oligocheck Beschreibung

Oligocheck ist ein Java-basiertes Werkzeug, das zur Beurteilung der Robustheit ausgelegt wurde, indem ein Primer-Set- oder Sonden-Phylogenet-Bereich der Untersuchung der Anzahl der Basis-Fehlanpassungen mit potenzieller Zielsequenz steigt. Der Benutzer liefert einen Primer-Set oder eine Sonde, um zusammen mit einer Datenbank mit Nukleinsäuresequenzen zu überprüfen. Oligocheck prüft den Primer-Set oder die Sonde mit jedem relevanten Datensatz in der Datenbank und notiert, ob die Übereinstimmungen mit einer zunehmenden Anzahl von Basisunternehmen zulässig sind. Die resultierende Analyse wird neben den Sequenzordnungsdaten in einer grafischen Form angezeigt. Die Fähigkeit von Nukleinsäurer-Primer-Sets und -sonden, ausschließlich auf die richtige Nukleinsäuresequenz zu binden, ist von grundlegender Bedeutung für das genaue Targeting spezifischer phylogenetischer Gruppen. Eine solche Spezifität hängt weitgehend von der Einzigartigkeit des Bereichs der Nukleinsäuresequenz dieses Oligonukleotide-Ziels ab. Je ein einzigartiger der Region, desto robuster wird der Primer-Set oder die Sonde nur dann auf das beabsichtigte Ziel, auch wenn Variationen bei der Glühtemperatur und anderer biochemisch relevanter Parameter zu den Oligonukleotiden führen, die erfolgreich mit einem oder mehreren Basisunterschieden verbunden sind. Somit kann ein robuster Primer-Set oder eine Sonde als eins betrachtet werden, das ausschließlich zu seinem beabsichtigten Ziel angerechnet wird, selbst wenn ein oder mehrere Nichtübereinstimmungen erlaubt sind.

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