Cis-regulatorische Elemente können in den stromaufwärtigen Sequenzen eines Satzes von Genen angereichert werden, die ähnliche Expressionsmuster zeigen. Dies kann durch Suchen nach den Bindungsstellen von Transkriptionsfaktor (TFBSS) in den stromaufwärtigen Sequenzen der syn-exprimierten Gene erfolgen. TFSearch Viewer ist ein praktisches, Java-basiertes Tool, das zum automatischen Senden mehrerer Sequenzen an TFSeSearch-Server einreichen soll. Sie sucht dann nach gängigen TFBSS unter den Suchergebnissen aller Sequenzen, wodurch die Verwendung von Gene der Gene über Transkriptionsfaktoren auf der Transkriptionsebene nachweisen . Die Ergebnisdatei zeigt Zählungen aller in jeder Sequenz identifizierten TFBs, TFBSS wird von ihrem Vorkommen zwischen allen eingeräumten Sequenzen eingestuft, somit 100% Iturrität für ein TFBS bedeutet, dass die Bindungsstelle in allen Sequenzen erkannt werden kann.
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