Phylonet Analysieren Sie die erneuerbaren evolutionären Beziehungen mit dieser Anwendung.
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Phylonet Ranking & Zusammenfassung

Phylonet Stichworte

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Phylonet Beschreibung

Phylonet ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Werkzeug, das speziell entwickelt wurde, der Benutzer eine Reihe von Werkzeugen zum Rekonstruieren und Analysieren von retikulären (nicht-treelike) evolutionären Beziehungen anbietet. Insbesondere umfasst das Softwarepaket Merkmale zum Inferieren der horizontalen Gentransfer von einem Paar Arten- / Genbäumen und das Erkennen interspezifischer Rekombinationspunkte in einer Sequenzausrichtung. Darüber hinaus verfügt es über die Fähigkeiten zum Lesen / Speichern von phylogenetischen Netzwerken sowie den Vergleich von phylogenetischen Netzwerken Topologien. Da die Algorithmen für phylogenetische Netzwerkrekonstruktion und Bewertung von algorithmischen Techniken von der Domäne von phylogenetischen Bäumen die Verwendung von algorithmischen Techniken nutzen, enthält das Paket auch mehrere baumorientierte Merkmale, wie beispielsweise Module zum Berechnen der maximalen Vereinbarung Subbree, die Robinson-Foulds-Entfernungsmaßnahmen usw. Haupteigenschaften: Mast - Maximale Vereinbarung subbree RF - Robinson-Foulds / Symmetrische Differenzbaum Maßnahme Riatahgt - eine Heuristik, um HGT-Events von einem Paar Arten- / Genbäumen zu erkennen LCA - am wenigsten gewöhnlicher Vorfahren eines Satzes von Knoten in einem Baum RECOMP - eine fensterbasierte Methode zum Erkennen interspezifischer Rekombinationspunkte charnet - ein Werkzeug zum Berechnen von Clustern, Bäumen und Reitreisen in einem Netzwerk CMPNETS - ein Werkzeug zum Berechnen des Abstands zwischen zwei Netzwerken NetPARs - ein Werkzeug zum Ergreifen des Parsimoniums der phylogenetischen Netzwerke Countcoal - ein Werkzeug zum Aufzählen aller gültigen Koaleszenten-Szenarien eines Gens innerhalb der Zweige eines Artenbaums GENCPLEX - ein Werkzeug zum Erzeugen einer MILP-Formulierung, die von CPLEX für ein Artenbäume und ein Satz von Genbäumen gelöst werden kann Genst - ein Werkzeug zum Erzeugen von Spezies-Baumtopolotien basierend auf maximalen Sätzen kompatiblen Clustern. compute_st (dieses Tool ist ein Perl-Skript) - zum Rekonstruieren des Artenbaums von Genbäumen unter der Koalente. Inser_st - zum Inferieren des Artenbaums von Genbäumen. Zu den in enthaltenen Methoden gehören MDC, MDC mit Zeit, Glas, erweitertem Mehrheitskonsens und demokratischer Abstimmung. Deep_coal__Count - Zum Zählen der Anzahl der zusätzlichen Linien, die von einem Satz von Genbäumen und Artenbäumen tätig sind Sim_gtinNetwork - zum Simulieren von Genbäumen unter dem phylogenetischen Netzwerkmodell in der Yu et al. Syst Biol 2010 Paper

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