Melteim Der DNA-Schmelzungssimulator
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Melteim Ranking & Zusammenfassung

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Melteim Beschreibung

Meltsim ist ein statistisch-mechanisches Programm zur Berechnung von Schmelzkrümmungen (Denaturierung) Kurven (derivativen Profilen) und Karten von DNA, von Genen bis zu Genomen. Das Modell ist das eindimensionale ISing-Gitter, an dem die Schleifenvorgänge angehängt wurde. Der ursprüngliche Algorithmus ist das von Polen und Scheraga und Polen, mit dem Fixman und der frierenden Annäherung der Schleifenregung durch eine Summe von Exponentials. Die Parameter in Polens ursprünglicher Algorithmus wurden von Blake und Delcourt bewertet und sorgen für eine nahezu quantitative Vereinbarung zwischen beobachteten und berechneten TM, Amplituden, Breite und Bereichen der unter Gleichgewichtsbedingungen erhaltenen Übergänge. Das Programm speichert die Ergebnisse der Operation in einer Protokolldatei, mit der Sie wichtige Informationen und Vorgänge überprüfen können. Haupteigenschaften: Die Eingabedatei (Sequenz) erfordert kein spezielles Format. Basen können in Groß- und / oder Kleinbuchstaben sein, und es sind keine Zeilenumbrüche erforderlich. Nur die Buchstaben A, C, G und T werden jedoch als Basen gezählt. Mit der Helferanwendung namens COMPILE können bestimmte Sequenzstandorte in Genbank-formatierten Dateien konvertiert und von Meltsim 1.0 für Windows gelesen werden. Ein Titel wird automatisch zum Grad in der Grafik hinzugefügt, wenn die erste Zeile der Eingabedatei einen Text enthält, der mit dem Pfundzeichen (#) beginnt. Basen werden normalerweise in Blöcken von 100.000 bp gelesen und d (theta) / dt (das erste Derivat des angemeldeten Abschnitts mit Temperatur) vs. T-T-Werte werden gemittelt, da mehr Basen gelesen werden. Die Melting Map-Datei enthält Daten für den letzten Block geschmolzen. Meltsim 1.0 für Windows kann in die mit einem Asterisk (*) in der Eingabedatei gekennzeichneten Blöcken eingeleitet werden. Es kann auch einen beliebigen Teil einer Sequenz lesen, indem Sie den Start- und Haltestellen geben. Mehrere Eingabedateien können sequenziell mit dem Asterisk-Platzhalter (*) im Dateinamen geschmolzen werden. Mit der automatischen Druckfunktion kann Meltsim 1.0 für Windows an beliebiger Anzahl von Dateien arbeiten, indem Sie Graphen drucken, wie es geht. Eine Ausgabedatei wird aus Schmelzkurvenkoordinaten (D / dt als Funktion von t) erstellt. Eine andere Ausgabedatei wird aus Melking-Map-Koordinaten (T und THETA als Funktionen der Basisposition, gemittelt über einen Bereich der einstellbaren Größe), hergestellt. Vorherige Schmelzen können für Windows in Meltssim 1.0 zurückgelesen werden, sowie eine beliebige XY-Koordinatendatei, die möglicherweise zum Vergleich oder zur Referenz verwendet werden kann. TM-Werte können auf jeder Kurve mit einer Integrationsfunktion berechnet werden. Der Wert von TM wird im TM in der Grafik zusammen mit einer Zeile angezeigt. Kurven und die Schmelzkarte können auf verschiedene Arten skaliert sein, und das Fenster zeigt an, wie das Graphen beim Bedruckt aussieht.

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