Maskrate Berechnen Sie die relative Evolutionsrate mit Hilfe dieses Werkzeugs.
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Maskrate Ranking & Zusammenfassung

Maskrate Stichworte

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Maskrate Beschreibung

Der Grad, in dem eine Aminosäurereite frei ist, ist stark von ihrer strukturellen und funktionellen Bedeutung abhängig. Eine Aminosäure, die eine wesentliche Rolle spielt, wie beispielsweise einer innerhalb des aktiven Standorts des Proteins, ändert sich unwahrscheinlich, dass sich die Evolutionäre Zeit ändert. Daher ist die Evolutionsrate an einem Aminosäurerort an, wie konserviert diese Site ist, und ermöglicht wiederum die Bewertung der Bedeutung dieser Site bei der Aufrechterhaltung der Struktur oder Funktion des Proteins. Mcrate ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Werkzeug, das speziell für die Berechnung der relativen Evolutionsrate an jedem Standort unter Verwendung eines probabilistischen Evolutionsmodells ausgelegt ist. Dies ermöglicht den Berücksichtigung des stochastischen Prozesss zugrunde liegenden Sequenzentwicklung in Proteinfamilien. Am wichtigsten ist, dass Mcrate die Methodik von Markov Kette Monte Carlo (MCMC) verwendet, um über den Raum aller möglichen Bäume zu integrieren. Daher nimmt mkrat keinen vorbestehenden phylogenetischen Baum an, unter dem sich die Sequenzen beziehen. Es wurde gefunden, dass Mcrate über NA-Methoden überlegen war, die sich nur auf einen einzigen Baum verlassen.

Maskrate Zugehörige Software