Ideogrammbrowser.

Ein Java-Tool zur Visualisierung genomischer Aberrationen mit Affymetrix-SNP-Arrays
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Ideogrammbrowser. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Name des Herausgebers:
  • Hans A. Kestler & André Müller
  • Website des Verlags:
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 18.8 MB

Ideogrammbrowser. Stichworte


Ideogrammbrowser. Beschreibung

Der ideogrammbrowser kann verwendet werden, um einen Satz von Ausgabedateien aus dem AffyMetrix-Chromosomen-Copy-Analyse-Tool einfach zu vergleichen. Verlust der Heterozygosität (LOH) oder Verlust- / Verstärkungsmarkierungen sind gegen ihren entsprechenden chromosomalen Bereich in einer karyotypischen Darstellung zusammen mit Genen aufgetragen. Merkmale: * Plotten von SNP-Markern in einem Karyogramm (immer neu aus der Ideogramm-Tabelle der NCBI MapView Build 36.2-Datenbank). Siehe den Anhang A zum Ändern der Standarddatenbank. * Die SNP-Array-Größen von 10k, 50k, 100k und 500k können aus dem AffyMetrix-Kopiernummer-Analyse-Tool (CNAT 3 und CNAT 4) direkt im CNT-Dateiformat (Version 1.0 und 1.1) importiert werden. * Ein allgemeines Registerkarte Begrenztes Textdateiformat kann zum Importieren von Fremddaten importiert werden (z. B. von einer Tabellenkalkulationstabelle, z. B. Microsoft Excel). So ist die Software nicht auf AffyMetrix-SNP-Arrays und das AffyMetrix-Kopiernummer-Analyse-Tool (CNAT 3 und 4) beschränkt. Die SNP-Analyse kann kombiniert werden, z. mit Array CGH-Daten. Das neue CNAT 4-Format teilt die LOH-Marker in einer zweiten Datei auf. Wenn die Dateien dasselbe Präfix haben, werden die LOH-Dateien beim Öffnen einer Kopiernummer (CN) -Datei automatisch geladen. * Plotten von Genmarkierungen aus einer lokalen Kopie der NCBI MapView-Datenbank (Build 36.2) * Batch-Verarbeitung / mehrere Dateiimport. Zusammenführen von geteilten Dateien. * Thresholding von log2ratios, Loh (Verlust von Heterozygosität), SPA (Single Point-Analyse-Kopiernummer), und GSA (Genom-geglättete Kopiernummer) für die Markergenerierung (letzterer ist nur für Chips mit mehr als 10.000 SNPs verfügbar). * Rauschunterdrückung durch Filterfunktionalität * Conensus Region Repräsentation. * Links zu http://www.genecards.org * Exportieren Sie in das JPG-, SVG- und PDF-Format. * Druckfunktionalität (der Druck funktioniert möglicherweise nicht unter Linux in Kombination mit Bechern - dies ist ein Java 1.5 / Cups-Problem: Exportieren Sie die Diagramme als PDF-PDF und drucken E.G. mit Acrobat Reader) * Etc.


Ideogrammbrowser. Zugehörige Software

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