Gnlab Rechenleitung für große Genennetzwerkanalyse
Jetzt downloaden

Gnlab Ranking & Zusammenfassung

Gnlab Stichworte

Analyse SSIS-Pipeline. Struktur Rechenleistung Recheneffizienz Pipeline Rechengeometrie. rechnerisch Benutzerdefinierte Pipeline Rechenmodell großes Netzwerk Automatische Pipeline. groß große Bereitstellungen Computational Finance Computational Component Computational Biolog. Rechenastronomie Daisy-Pipeline Penelope Cruz Tapete. Computerchemie Genanalyse große Wolke generieren Microarray-Genanalyse. Genexpressionsanalyse. Rechenproblem Rechenleistung Pipeline-Komponentenprüfgerät. Test Pipeline-Komponente Dekodierungspipeline. rechnerische Neurowissenschaften Pipeline Mode Gen-Reaktions-Protein-Netzwerk Rechenansatz. Gene Network erstellen Gene Network Generator. Protein-codierende Genanalyse Analyse-Pipeline GEN-Datenanalyse. Rechenschaftsgrafik generieren. Simulieren Sie das GEN-Netzwerk wachsen Gene Network generieren. GEN-Frequenzdatenanalyse große Phylogenies-Analyse. Computational Pipeline Groß angelegte Analyse Statische Struktur Rechnerische Intelligenz Segmentierungspipeline. Modifier-Genanalyse. Genexpressionsdatenanalyse Verarbeitungspipeline groß AVG-freie Firewall. AviPreview ARES. .snd zu text. Fruchtige Loops DJ. Blaze HDTV-Fahrer Autoteile-Software Video-Mixer herunterladen ALIF BAA QURAN. Touch-Tastatur v1.0. IBALL-PEN-Laufwerk. Datei-Explorer 2690 SSH-Server Wind

Gnlab Beschreibung

Der Gnlab-Name steht für virtuelles Labor des Gennetzwerks. Gnlab wurde entwickelt, um ein neuartiges Bioinformatik-Werkzeug für die große Analyse von Gen-Regulierungsnetzen (GRNs) zu sein. Dieses C ++ - Befehlszeilenwerkzeug unterstützt die Analyse sowohl der statischen Struktur als auch der dynamischen Verhalten eines GRN. Gnlab wird entwickelt, um das Design und die Implementierung großer wiederholbarer Rechenexperimente auf GRNs zu unterstützen. Gnlab besteht aus trennbaren Komponenten für Netzwerkerzeugung, Simulation, Analyse, Visualisierung, Vergleich und Inferenz. Durch die Verwendung eines benutzerdefinierten Skripts können diese Komponenten zusammengebaut werden, um eine Pipeline der GRN-Analyse zu erstellen. Jede Komponente kann von einer Befehlszeilenoption aufgerufen werden. Haupteigenschaften: Netzwerkgeneration: Drei Netzwerkwachstumsmodelle sind in Gnlab erhältlich. Ein zufälliges Netzwerk kann vom ERDOS-Renyi-Modell (-R), dem skalierbaren Modell (-F) oder dem charleston-ho-Modell (-G) erstellt werden. Das Charleston-Ho-Modell ist ein neu vorgeschlagenes Netzwerkwachstumsmodell, das auf gut bekannten Prozessen in der Genom-Evolution basiert. Dieses Modell erfasst die detaillierte topologische Struktur der realen GRNs (HO und Charleston, in Vorbereitung). Netzwerkvisualisierung: Gnlab kann Eingabedateien für Graphviz, GEOMI und CYTOSCAPE erstellen. Diese Funktionalität kann von der Befehlszeilenoption -v. aufgerufen werden. Netzwerksimulation: Mit den Kinetik des Hills kann das Genexpressionsmuster eines GRN entweder deterministisch oder stochastisch simuliert werden. Daten für das TIME-Series-Gen-Expressionsprofil kann durch Aufrufen der Befehlszeilenoption -t erzeugt werden. Die simulierten Daten werden in einer Textdatei mit einer Erweiterung ".data" gespeichert. Drei Arten von Microarray-Datasets können von Gnlab simuliert werden: Zeitreihe, Genstörung und konditionsspezifische Datensätze. Die Befehlszeilenoption -S wird verwendet, um eine Simulation von Microarray-Daten aufzurufen. Netzwerkanalyse: Die statische Struktur eines GRN kann durch eine Sammlung von topologischen Netzwerkfunktionen quantifiziert werden. Ein Satz von 11 topologischen Merkmalen wird in Gnlab berechnet. Netzwerkvergleich: Die topologische Ähnlichkeit zwischen zwei Netzwerken mit der gleichen Anzahl von Knoten kann in Gnlab berechnet werden. Ein Netzwerkvergleich wird über die Befehlszeilenoption -c aufgerufen. Eine Ein-Linie-Zusammenfassung der topologischen Unterschiede zwischen den beiden Netzwerken wird an die Konsole ausgegeben. Netzwerkfolgen: Gnlab führt keine Netzwerkfolgen direkt aus. Es ermöglicht jedoch, dass der Microarray-Datensatz erzeugt, um in das Eingabeformat von Aracne und Banjo umgewandelt zu werden. Dieser Prozess wird von der Befehlszeilenoption -d -d. aufgerufen

Gnlab Zugehörige Software