Dtscore.

Ein Entfernungsbasis-Tandem-Duplizierungsbaum-Rekonstruktionsalgorithmus
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Dtscore. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Olivier Elemento
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 224 KB

Dtscore. Stichworte


Dtscore. Beschreibung

Dtscore-Antrag wurde entwickelt, um einen distanzasierten Tandem-Duplizationsbaum-Rekonstruktions-Algorithmus zu sein. Es basiert auf einem einfachen Tandem-Vervielfältigungsmodell, das eine ungleiche Rekombination (Crossover) als den einzigen Vervielfältigungsmechanismus annimmt. Alles, was es als Eingabe braucht, ist eine Entfernungsmatrix zwischen Kopien. In dieser Matrix müssen die Reihen und Säulen auf dieselbe Weise bestellt werden, wie die Kopien am Locus bestellt werden. Dtscore kann auf relativ große Datensätze (mehr als hundert Exemplare) angewendet werden. Entfernungen können mit Programmen wie dnadistischen (Nukleotidsequenzen) oder Protenten (Proteinsequenzen) aus dem Phylip-Paket berechnet werden. Heterogene Substitutionsraten zwischen Standorten können beispielsweise mit der Gamma-Methode behandelt werden.


Dtscore. Zugehörige Software