Biokanga Suite von Hochleistungs-Bioinformatik-Anwendungen
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Biokanga Ranking & Zusammenfassung

Biokanga Stichworte

Analytik Reihenfolge Bioinformatik

Biokanga Beschreibung

BioKanga ist eine Sammlung von Hochleistungsanwendungen Bioinformatics die Herausforderungen der nächsten Generation Sequenzierungsanalysen Targeting. Kanga ist ein Akronym für K-mer Adaptive Next Generation Aligner steht und ist die primäre Anwendung. BioKanga ist eine hocheffiziente Kurzleseausrichter, die innerhalb einer Zielgenom Verständnis der Sequenz Einzigartigkeit eine empirisch abgeleitete enthält kurze robuste Ausrichtung der Sequenzer der nächsten Generation zu ermöglichen Datensätze in jedem Farbraum (ABI fest) oder basespace (Illumina) gelesen. Im Vergleich zu anderen weit verbreiteten Aligner, bietet BioKanga erhebliche Gewinne sowohl im Verhältnis und die Qualität der ausgerichteten Sequenz liest zu wettbewerbsfähige oder erhöhte Recheneffizienz. Im Gegensatz zu den meisten anderen Aligner, BioKanga nutzt Hammingdistanzen zwischen mutmaßlichen Ausrichtungen auf die gezielte Genomassemblierung für Schäden, die discrimative Annahmekriterien zu lesen gegeben, anstatt sich auf Sequenzer sourced Qualität Partituren. Kangadna ist die primäre Komponente eines zusätzlichen zwei in Richtung de Novo gezielten Teil Toolkit Montag von NGS kurzen lesen Datensätze. Die sekundäre Komponente, kangahrdx (K-mer Adaptive Next Gen Aligner Homozygotie Reduction) ist auf RNA-Seq Transkriptomik in erster Linie gezielte wobei Transkript Isoformen führen in vielen zusammengesetzten contigs Regionen mit hohen Identität höchstwahrscheinlichen Bestandteil Exons zu teilen. Toolset Komponenten: kangax Baugruppe verwendet eine extrem optimierte Suffixarray Nachschlagedatenbank mit dem Bezugsgenom zu erzeugen, gegen die die NG kurze lesen Datensätze anschließend ausgerichtet werden sollen. Kangar Dies ist die optionale Komponente, die dazu verwendet werden kann, um vorverarbeiten die NG kurz lesen Datensätze in ein Format, das für die schnelle und effiziente Beladung durch den kanga Ausrichter optimiert ist. kanga Kanga ist die Ausrichter-Komponente. Es ist Haupteingänge die Referenz Genomassemblierung Datenbank sind wie durch kangax erzeugt und entweder eine Kangar vorverarbeiteten Datenmenge oder die rohe fasta / fastq READSET Dateien. Der primäre Ausgang von kanga sind die Ausrichtungen in einem von einer Anzahl von Ausgabeformaten Benutzer ausgewählt. kangadna Kangadna ist ein mehrphasiges gierig de Novo Assembler mit dem übergeordneten Ziel der höheren Vertrauen Qualität contigs liefern, auch wenn diese Qualität auf Kosten der reduzierten Spanne und / oder Contig Nxx herkömmliche Maßnahmen gewonnen wird. Kangadna assembliert nativ entweder Basis oder Farbraum (fest) liest. Kangahrdx Kangahrdx wird Contig Sequenzen verarbeiten und Regionen aus, die homozygot inter-Contig sind. Identifizierte Regionen werden von allen entfernt werden, aber die längste Contig was zu Contigs, die mehr hetrozygotic sind. Dies kann in de Novo RNA-Seq Transkriptom-Analyse oder in de novo Assemblierung von Genomen polyploidic unterstützen. Im Allgemeinen kangahrdx wird auf dem Contigs von kangadna oder einem anderen Assembler, die einzigen wesentlichen Einschränkung erzeugt ausgeführt werden wird, dass der Eingang basespace sein muss und nicht den Farbraum.

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