Baumfit. Genetische Datenanalyse leicht gemacht.
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Baumfit. Ranking & Zusammenfassung

Baumfit. Stichworte

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Baumfit. Beschreibung

Evolutionäre Bäume werden häufig verwendet, um genetische Beziehungen zwischen den Bevölkerungen zu beschreiben. Hierarchische, Bifurcating-Bäume sind ein vernünftiges Modell für die Entwicklung von DNA-Sequenzen und -arten, kann jedoch angemessen sein oder nicht für die Beschreibung der Bevölkerungsstrukturen in den durch den Genfluss verbundenen Populationen angemessen sein. Wenn beispielsweise die Populationen in einem Schrittsteinmuster angeordnet sind, folgen die genetischen Beziehungen zwischen den Bevölkerungsgruppen keiner hierarchischen Muster, und traditionelle Nachbarverbindung oder UPGMA-Bäume sind möglicherweise nicht geeignete Instrumente für die Beschreibung der Struktur solcher Populationen. Treefit ist eine einfache Anwendung, die entwickelt wurde, um zu helfen, wie gut ein Baum an die genetischen Daten passt, aus dem der Baum berechnet wurde. Treefit schafft Nachbaranschluss- und U-U-Bäume aus einer genetischen Entfernungsmatrix und vergleicht dann den beobachteten genetischen Abstand zwischen den Populationen mit dem genetischen Abstand im Baum. Die Ähnlichkeit zwischen diesen Abständen ist exprimiert als R-Squared, die bekannte Statistik, die verwendet wird, um die Streuung der Punkte um eine Regressionslinie der kleinste Quadrate zusammenzufassen.

Baumfit. Zugehörige Software