Tagsorter Tagsorter ist ein Datenbankprogramm, das zum Vereinfachung der Collation, Sortierung, Vergleich und Identifizierung von Sage-Tag-Sequenzen erstellt wurde
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Tagsorter Ranking & Zusammenfassung

Tagsorter Stichworte

Etikett Datenbank Datenbankmanager Sorter Sage-Erweiterung Kollation

Tagsorter Beschreibung

Tagsorter ist ein Datenbankprogramm, das aufgebaut ist, um die Collation, Sortierung, den Vergleich und die Identifizierung von Sage-Tag-Sequenzen zu vereinfachen. Die serielle Analyse der Genexpression (Sage) ist eine hohe Durchgangstechnik zur Messung von Genexpressionsprofilen (Velculscu et al., 1995). Es offenbart sowohl die Identität von Transkripten und ihrer relativen Fülle. Es kann auch als Mittel zur Generkennung verwendet werden. Die Verwendung von Salbei ist seit seiner Erfindung stetig gewachsen, da die Erfindung 1995 und Genexpressionsprofile aus einer Vielzahl von Geweben und Organismen erzeugt wurden. Ein kurzer Überblick über die Sage-Technik ist wie folgt. Messenger RNA wird aus dem experimentellen Gewebe geerntet und wird so in doppelsträngige cDNA umgewandelt, dass der Polya-Schwanz jeder Nachricht von BIOTIN ist, das beschriftet ist. Diese cDNA wird mit dem Restriktionsenzym Nlaiii verdaut und mit dem Biotin-Label die 3'-Nlaiii-Verdauungsprodukte aufgenommen. Ein BSMFI-Restriktionsstätteradapter wird dann an diese Fragmente ligiert. BSMFI spaltet DNA an einer Position etwa 14 Basenpaare von seiner Erkennungsstelle. Dies führt zu kurzen exprimierten Sequenz-Tags (EST) aus einer definierten Position innerhalb jeder der mRNA-Transkripts, die im ursprünglichen Gewebe vorhanden sind. Diese Fragmente werden dann miteinander ligiert, um einen Concatemer von Ests zu bilden, der in einen Standard-Plasmid-Vektor kloniert und sequenziert ist. Jeder Klon kann identifizierende Tags für bis zu sechzig mRNA-Transkripte enthalten. Da die relative Position jedes Tags bekannt ist, und sie bestehen aus 10 Basenpaaren der neuartigen Sequenz, sobald der NlaiII-Standort ausgeschlossen ist, das das mRNA-Transkript eindeutig identifiziert, aus dem sie erzeugt wurden.

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