RECCO ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Java-basiertes Werkzeug, das speziell entwickelt wurde, um die Ausrichtung von Sequenzen zu analysieren, die sich mit Rekombination und Mutation entwickelt haben. Die Analyse liefert Beweise, ob ein Datensatz Rekombination enthält, in welcher Reihenfolge ein rekombinant ist und die Rekombinations-Haltepunkte sind. Auch die Analyse basiert auf der Erläuterung einer Sequenz mit allen anderen Sequenzen in der Ausrichtung unter Verwendung von Mutation und Rekombination. Eine parametrische Analyse des Parameters Alpha, die Rekombinationskosten gegen Mutationskosten gewichtet, ergibt zusätzliche Informationen, in der sich die Reihenfolge rekombinant sein könnte.
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