Protomol Ein Rahmen für molekulare Dynamiksimulationen.
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Protomol Ranking & Zusammenfassung

Protomol Stichworte

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Protomol Beschreibung

Protomol ist ein nützliches objektorientiertes, bauteilbasiertes Framework, das speziell für Molecular Dynamics (MD) -Simulationen entwickelt wurde. Das Framework unterstützt die Force-Felder des Charmm 19 und 28A2 und kann PDB-, PSF-, XYZ- und DCD-Trajektory-Dateien verarbeiten. Es ist für hohe Flexibilität, einfache Erweiterung und Wartung und hohe Leistungsanforderungen, einschließlich der Parallelisation, konzipiert. Die Technik von mehrfachem Zeitschritt wird verwendet, um die langfristige Effizienz zu verbessern. Die Verwendung von schneller elektrostatischer Kraft-Auswertungsalgorithmen wie Ewald, Partikelmesh Ewald (PME) und MultiGrid (MG) verbessert die Leistung weiter. Längere Zeitstufen sind mit Molly, Langevin Molly und Hybrid Monte Carlo, Nasenhöfe und Langevin-Integratoren möglich. Haupteigenschaften: ein objektorientierter komponentenbasierter Rahmen für molekulare Dynamiksimulationen Entwickelt für hohe Flexibilität, einfache Ausdehre und Wartung und hohe Leistungsanforderungen Inkrementelle Parallelisierung kombiniert sequentielle und parallele Umwelt Unterstützung der generischen mehrfachen Time-Stepping-Integrationsschemata Generische Kräfte und Potenziale Schnelle elektrostatische Kraft-Evaluierungsalgorithmen: ewald summation, o (n3 / 2) Partikel-Mesh-ewald, o (n log n) Multi-Grid-Methode, O (n) Unterstützung gemeinsamer E / A-Formate (Vor- und Nachbearbeitung) 106 Partikelsysteme

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