FastTree ist ein praktisches, benutzerfreundliches, einfach zu bedienendes, einaufforderungsabhängiges Werkzeug, das speziell entwickelt wurde, der auf ungefähr maximal-Wahrscheinlichkeits-phyogenetische Bäume aus den Ausrichtungen von Nukleotid- oder Proteinsequenzen schließt. FastTree kann Ausrichtungen mit bis zu einer Million Sequenzen in angemessener Zeit und Erinnerung umgehen. Für große Ausrichtungen beträgt Fastree 100-1.000 Mal schneller als PHYM 3.0 oder RAXML 7.
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