BBROWSER Berkeley-quantitativer Genombrowser
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BBROWSER Ranking & Zusammenfassung

BBROWSER Stichworte

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BBROWSER Beschreibung

Der Name BBrowser steht für BERKeley Quantitative Genome-Browser. BQGB dupliziert viel von der für einen Genombrowser typischen Anmerkungsanzeige-Funktionalität, jedoch mit einem Schwerpunkt auf benutzerdefinierten und quantitativen Daten, wie beispielsweise in hohen Durchsatzsequenzen und genomweiten Assoziationsstudien. Die Anwendung läuft lokal auf dem Desktop- oder Laptop-Computer eines Benutzers und vermeidet den langsamen Zurück- und Heraus mit webbasierten Genombrowsern. BQGB erwartet, dass Datendateien lokal an den Anwendungsvorgang und in einem Dateiformat wie GFF, BETH, SGR, WIG, FACHA oder einem beliebigen gesperrten Format sein, das Sequenz- und Basispaarpositionsstellen bereitstellt. Diese Topographie sollte im Allgemeinen schneller sein als der einer zentralen Remote-Datenbank sowie webbasierte Browser, wenn Sie mit vielen benutzerdefinierten Dateien arbeiten, d. Das Herunterladen einer einzelnen Referenzanmerkung an das lokale Computer ist schneller als Hunderte von benutzerdefinierten Datendateien an einen Remote-Server hochzuladen! Durch das Surfen von Bedürfnissen ist variiert und es sollte kein Visualisierungswerkzeug erwartet werden, dass er einen Einblick in die verschiedenen Phänomene der molekularen Genetik bietet, von hoch lokalisierten SNPs bis hin zu nahen und fernen cis-regulatorischen Elementen bis hin zu weit entfernten Trans-Beziehungen, die sich sogar stark abweichende Arten erstrecken können. Neben den mit BQGB verpackten Visualisierungen stellt die Anwendung eine Open-Source-API bereit, die die laufende Entwicklungsarbeit erleichtert, die die sich entwickelnden Visualisierungs- und Erkundungsanforderungen der molekularen genetischen Anfrage anspricht.

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