TIER Cross-Platform-App für Bayesian MCMC-Analyse molekularer Sequenzen
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Analyse Bayesian MCMC-Analyse. Bayesian Analysis. molekulare Sequenz analysieren McMC.

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Cross-Platform-App für Bayesian MCMC-Analyse von molekularen Sequenzen Biest (Bayesian Evolutionary Analysis Probenahme Bäume) ist eine freie und offene Quellanwendung für evolutionäre Inferenz aus molekularen Sequenzen.Beast ist eine plattformübergreifende App für die Bayesian McMC-Analyse molekularer Sequenzen. Das Biest ist vollständig auf verwurzelte, zeitgemessene Phyogenien ausgerichtet, die unter Verwendung strenger oder entspannter molekularer Taktmodelle abgeleitet werden. Die Betrügerung kann als Verfahren zur Rekonstruktion von Phylogenies verwendet werden, ist aber auch ein Rahmen zum Testen von evolutionären Hypothesen ohne Konditionierung an einer einzigen Baumtopologie. Biest verwendet MCMC mit dem Durchschnitt über Baumraum, so dass jeder Baum proportional zu seiner hinteren Wahrscheinlichkeit gewichtet wird. Hier sind einige wichtige Funktionen von "BEAST": · Molekülplatten der konstanten Rate. · Dies ist das Standardmodell. Der Baum kann durch Angabe einer Mutationsrate kalibriert werden. · Variable Rate (entspannt) molekulare Uhrenmodelle. · Implementiert die unkorrelierten entspannten Uhrmodelle von Drummond, Ho, Phillips und Rambaut (2006, PLOs Biology) siehe unten für volles Zitat. · Divergenz-Datumsschätzungen. · DATEN DER Divergenz für bestimmte gemeinsame gemeinsame Vorfahren (MRCA) können geschätzt werden. · Nicht-zeitgleiche Sequenzen (! TIPDATE) molekulare Uhrenmodelle. · Wenn die Unterschiede in den mit den Sequenzen verbundenen Daten einen erheblichen Anteil des Zeitalters des gesamten Baums umfassen, können diese Daten in das Modell eingebaut werden, das eine Informationsquelle über die Substitutionsrate bietet. · Substitutionsmodell Heterogenität über Standorte. · Für verschiedene Sets können verschiedene Substitutionsmodelle angegeben werden. Beispielsweise kann jede Codon-Position eine andere Substitutionsmatrix und ein Gamma-Modell der Heterogenität von Rate erlaubt sein. · Flexible Modellspezifikation. · Das Modell-Spezifikationsdateiformat ermöglicht eine erhebliche Flexibilität. Beispielsweise ist es möglich, festzustellen, dass jede Codon-Position eine andere Rate aufweist, einen unterschiedlichen Grad an Heterogenitätsgrad, aber das gleiche Übergangs- / Transversionsverhältnis. · Sortiment an Substitutionsmodellen. · BEAST (Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Bäume) ist eine freie und offene Quellanwendung für evolutionäre Inferenz aus molekularen Sequenzen. · Flexible Wahl der Prioritäten auf den Parametern. · Jeder Parameter kann vorher angezeigt werden. Zum Beispiel kann das Alter der Wurzel des Baums ein exponentielles Vorgänger mit einem bestimmten Mittelwert erhalten. · Koaleszierende Modelle der Bevölkerungsgröße und des Wachstums. · Verschiedene Modelle des kohlezierenden Bevölkerungswachstums können verwendet werden. Gegenwärtig sind ständige Größe und exponentielles Wachstum verfügbar, aber bald werden mehr hinzugefügt. Diese Modelle wirken grundsätzlich als Priors im Alter von Knoten im Baum, aber die Parameter (Bevölkerungsgröße und Wachstumsrate) können abgetastet und geschätzt werden. · Multi-Locus Coalescent-Modelle. · Zwei nicht verknüpfte Gene können das gleiche kohlezierende Bevölkerungsmodell, sondern einen anderen Substitutionsprozess und einen Baumstruktur erhalten, der die Herstellung von Multi-Locus-Koalent-Inferenz ermöglicht. · Local Clock Molecular Clock-Modelle. · Unterschiedliche Kassen im Baum, um unterschiedliche Raten zu haben (oder in der Tat völlig unterschiedlichen Substitutionsverfahren). Was ist neu in dieser Version: Neue Eigenschaften: · GUI-Versionen von BEST zeigen ein Dialogfeld, um verschiedene Optionen festzulegen, die ansonsten nur von der Befehlszeile verfügbar sind. Fehlerbehebung: · Ausgabe 55: MCMC-Bildschirmprotokoll funktioniert derzeit nicht. · Ausgabe 70: Schönheit und Partition in Codon-Positionen · Ausgabe 72: Beauti sollte harte GTR-Modellparameter · Ausgabe 122: Strg-A in Beauti -> Ausnahme · Ausgabe 127: Beauti-früheres Panel, früherer oberer und niedrigerer NICHT · UNENDLICHKEIT · Ausgabe 128: Beauti: Tree Chef logistic Wachstum ist nicht verfügbar · Kalibrierung · Ausgabe 146: Beauti: Binäres Kovarienmodell · Ausgabe 169: Bearbeiten des Dateinamenvorstiegs in Beauti verursacht das Einfügen · Zeigen Sie an, bis zum Ende springen · Ausgabe 173: Beauti: Teilweise Link-Ausnahme · Ausgabe 181: Beauti: Benötigen Sie beim Hinzufügen von Standardverhalten auf Standardverhalten · Zusätzliche Ausrichtung nach demonstrieren · Ausgabe 193: Verbesserte Konvergenzdiagnose: Effektive Größe von berechnen · Kombinierte Läufe durch Verketten der Proben · Ausgabe 194: Beauti: Voraberstellungsausnahme beim Ändern des Wertes · Ausgabe 199: Tracer zeigt nur den ersten Protokolldateieintrag beim Multiples · Einträge haben den gleichen Namen · Ausgabe 201: Bearbeiten von Dateinamenvorschubs in MCMC-Panel verursacht den Einfügungspunkt · Um zum Ende zu springen · Ausgabe 202: Erstellen von Skripts, die JDK 1.6-Klassen erstellen, so dass die Verteilung fehlschlägt · Auf Maschinen mit JDK 1.5 · Ausgabe 203: Launch4j-Fehler, der den Link von NucleotIdelikeliHoode.dll beeinträchtigt · Ausgabe 204: Beauti: Baum vor konstanter Größe arbeitet nicht für die Node-Kalibrierung · Ausgabe 205: TIDE-Informationen in der Konsole unter Verwendung von Windows verschwunden · Parameter, um Biest auszuführen · Ausgabe 209: Erratdosis nicht kompilieren · Ausgabe 211: Beauti: Aminosäure-Site-Modell XML ist falsch · Ausgabe 212: BEAST Linux-Version: Brauchen Sie CHMOD 755 * · Ausgabe 215: Standard-Speicherzuteilungen für Mac-Verpackungen sind zu klein · Ausgabe 216: Standard-Speicherzuteilungen für Linux-Verpackungen sind zu klein · Ausgabe 217: Probleme mit der Mac OS X-Verpackung · Ausgabe 218: Dialogfeld "Beastmain-Optionen" Geben Sie einen Fehler "illegaler Einstiegswert" · Muss zwischen 1 und 21474863647 sein " · Ausgabe 220: Die Shell-Skripts zum Starten von Biest in der Befehlszeile können nicht umgehen · Mit Leerzeichen im Pfad. · Ausgabe 221: Richten Sie die Betreiber der Substitutionsmodell in Beauti · Ausgabe 222: Benennung von 'Treelikelihood', wenn nur 1 Partition · Ausgabe 223: Legen Sie den Dateinamen "Bedieneranalyse" als Attribut in ein · MCMC-Element · Ausgabe 225: TreeTartitionKoalescent ist nicht vorhanden · Ausgabe 226: Die Parsers in Release_Parsers.Properties müssen aktualisiert werden · Ausgabe 227: Befestigen Sie Beastdoc, um Tag doc für Biest-Benutzer zu generieren · Ausgabe 229: Ein weiteres Misserfolg des Tests von Framework · Ausgabe 231: Verzögern Sie den Beginn der Leistungsmessung bis danach · Vollständige Bewertung. · Ausgabe 232: Mac (Windows?) Version von BEAST schließt die Konsole auf Fehler · Ausgabe 234: Erstellen Sie den Fehler "Die anfängliche posterior ist ein Fehler auf Null · Freundlicher zu debuggen · Ausgabe 236: dr.evomodel.operatoren.traitgibbsOperator wird mit doppelt vervielfältigt · Parsers in Release_Parser.properties oder Beastparer.java · Ausgabe 237: Beauti: Taxon-Set nicht mit der Multi-Tree-Partition · Ausgabe 238: Benennung von 'Mustern', wenn nur 1 Partition · Ausgabe 240: Beauti: Useambiguitäten der Treelikeliatur sollten Standard sein · Wie treu für Binay Covarion · Ausgabe 242: Beauti: Erstellen Sie ein Kontrollkästchen, um USEAMBIGUITÄTEN in auszuwählen · Treelikelihood für binäre Daten · Ausgabe 244: Dringend: Standardrührer Beurteilung · Ausgabe 247: Beauti: Falsches XML in Frequenzen, die empirische Binäre auswählen · Kovarienmodell · Ausgabe 248: Beauti Exception (* Biest) beim Verknüpfen derselben Taxa für a · Baummodell durch unterschiedliche Taxa insgesamt · Ausgabe 250: Beauti: Falsche Ausrichtungsblöcke für Multi-Gen bei der Wahl · "Leere Ausrichtung erstellen" · Ausgabe 253: Beauti Fügen Sie ein Pop-Up-Feld hinzu, um die Standardproduzenten zu überprüfen, wenn · Klicken Sie auf "Tierdatei generieren" · Ausgabe 254: Beauti Generate XML-Taste sollte nach allen Daten deaktiviert werden · Partition entfernt · Ausgabe 255: Schalten Sie Parser Warnungen standardmäßig für die freigegebene Version aus · Ausgabe 256: Beauti: Kommentar hinzufügen in XML "skyride.logpopsize ist Protokolleinheit · Im Gegensatz zu anderen Popgrößen " · Ausgabe 257: Beauti: Binäre Daten und mehrere Partitionen erzeugt nicht · Das SiteModel ordnungsgemäß · Ausgabe 259: Beauti: Mac OS MCMC Panel Problem · Ausgabe 260: Beauti: Richtiges Englisch · Ausgabe 261: Error Parsing-Element mit ID NULL · Ausgabe 262: Falsches XML von testcatacysmcoalescent.xml · Ausgabe 264: ImportException: Zahlenformatfehler für

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