jpredictor. Ein freies und vielseitiges Werkzeug zur Vorhersage von CIS-Regulatory-Elementen
Jetzt downloaden

jpredictor. Ranking & Zusammenfassung

jpredictor. Stichworte

Vorhersagen CIS-Predictor. cis-Element vorhersagen GUS-Vorhersage cis Anzeichen

jpredictor. Beschreibung

Ein freies und vielseitiges Werkzeug zur Vorhersage von CIS-Regulatory-Elementen JPREDICTOR wird zum Definieren von Motiven verwendet, um sie auf Sequenzen zu suchen, Gewichtungsmotiven mit den Trainings-Sets und Scoring-Sequenzen unter Verwendung der gewichteten Motive. Diese Bindungsstellen sind als Motive und für die Vorhersage dargestellt, sie müssen bekannt sein. Mit diesen Motiven ist es möglich, sie durch Anwenden eines positiven oder negativen Trainingssatzes (Modell oder Hintergrund) zu beschaffen, um sie auf Sequenzen zu durchsuchen und eine Sequenz zu erzielen. Die Regulierung ist der Prozess, durch den ein Organismus räumlich wirkt zeitliche Unterschiede in den Genexpressionsniveaus. Kenntnis von GUS-Regulierungselementen als Schlüsselakteure in der Gen-Regulation ist für das Verständnis der letzteren und der Entwicklung von Organismen unverzichtbar. Die Vorhersage basiert auf Clustern einzelner Motive und willkürlichen Kombinationen dieser in Multi-Motiven mit wählbaren minimalen und maximalen Entfernungen. Einzelne Motive können heterogener Klassen wie einfache Sequenzmotive oder positionspezifische Scoring-Matrizen sein. Cluster-Scores sind gewichtete Auftreten von Multi-Motiven, bei denen die Gewichte von positiven und negativen Trainingssätzen abgeleitet sind. Anforderungen: · Java 1.5 oder höher Was ist neu in dieser Version: · Der neue Parameter "SearchDirection" für Multimotifs hinzugefügt, die per Optionsdateien definiert sind · Fehler bei der Berichterstattung mit flachem Dreifach- und Hochzeitsmotiven mit mehreren Treffern behoben; Dieser Fehler ist selten aufgetreten, aber regelmäßig aufgetreten und erhielt nicht für Doubleotifs oder nicht flache Verbundmotive-Konsultation von Doppelmotiven, wie beispielsweise (PHO-DSP1) - (PHO-DSP1)

jpredictor. Zugehörige Software