Zytoscape. Open Source Bioinformatics Software-Plattform für die Visualisierung molekularer Interaktionsnetze und biologische Wege
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Zytoscape. Ranking & Zusammenfassung

Zytoscape. Stichworte

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Zytoscape. Beschreibung

Open Source Bioinformatics Software-Plattform für die Visualisierung molekularer Interaktionsnetze und biologische Wege Cytoscape ist eine Open Source BioinFormatics Software-Plattform, um molekulare Interaktionsnetze und biologische Wege zu visualisieren und diese Netzwerke mit Anmerkungen, Genexpressionsprofilen und anderen staatlichen Daten zu integrieren. Die Zytoscape wurde ursprünglich für biologische Forschung entwickelt, jetzt ist es eine allgemeine Plattform für eine komplexe Netzwerkanalyse und Visualisierung. Die Cytoscape-Core-Verteilung bietet einen grundlegenden Satz von Funktionen für die Datenintegration und -visualisierung. Zusätzliche Funktionen sind als Plugins verfügbar. Plugins sind für Netzwerk- und molekulare Profilinganalysen, zusätzliches Dateiformat-Support, Skript, neue Layouts und Anschluss mit Datenbanken erhältlich.Plugins können von jedem entwickelt werden, der die Cytoscape Open-API basierend auf der Java-Technologie anbietet, und die Entwicklung der Plugin-Gemeinschaft wird gefördert. Hier sind einige wichtige Merkmale von "Cytoscape": Unterstützt viele Standards: · Cytoscape unterstützt viele Standard-Netzwerk- und Anmerkungsdateiformate, einschließlich: SIF (Simple Interaction-Format), GML, XGMML, BIOPAX, PSI-MI, SBML, OBO und GEN Association. Begrenzte Textdateien und MS Excel-Arbeitsmappe werden ebenfalls unterstützt und Sie können Datendateien, z. B. Expressionsprofile oder Go-Anmerkungen, von anderen Anwendungen oder Tabellenkalkulationsprogrammen importieren können. Mit dieser Funktion können Sie beliebige Attribute auf Knoten, Kanten und Netzwerken laden und speichern. Geben Sie beispielsweise einen Satz benutzerdefinierter Anmerkungsbedingungen für Ihre Proteine ein, erstellen Sie einen Satz von Vertrauenswerten für Ihre Protein-Protein-Wechselwirkungen. Web-Service-Clients: · Cytoscape arbeitet als Web Service-Client. Dies bedeutet, dass Cytoscape direkt mit den externen öffentlichen Datenbanken herstellen und Netzwerk- und Anmerkungsdaten importiert. Derzeit werden die Pathway Commons, Intact, Biomart, NCBI Entrez-Gen und Picr unterstützt. Und wir entwickeln weiterhin neue Service-Clients für beliebte Datenbanken. Interoperabilität: · Da Cytoscape Import / Export-Standard-Dateiformaten unterstützt, können Sie Cytoscape problemlos in Ihren Workflow legen. Wenn Sie beispielsweise über ein von IGRAPH oder BIOCONDUCTOR erzeugtes Netzwerkdaten haben, kann Cytoscape die Datei als Texttabelle laden, und Sie können es im PSI-MI-Format für andere Bioinformatik-Tools oder Ihre eigenen Programme / Skripts exportieren. Sitzungsdatei: · Sie können Ihre Arbeit mit einem einzigen Klick speichern. Alle Einstellungen, Datendateien und Visualisierungen sind in einer Sitzungsdatei verpackt. Es heißt Cytoscape-Datei (.cys) -Datei. Die Cytoscape-Sitzungsdatei enthält Netzwerke, Attribute (für Knoten / Edge / Network), Desktop-Status (ausgewählte / versteckte Knoten und Kanten, Fenstergrößen), Eigenschaften, einige Plugin-Status und visuelle Stile. Anforderungen: · Java SE 5 oder höher

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