Zerknittert CESE - integrierte Umgebung zur Durchführung von Rechensimulationen mit einer Vielzahl von elektrophysiologischen Modellen
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Cese-integrierte Umgebung zur Durchführung von Rechensimulationen mit einer Vielzahl von elektrophysiologischen Modellen Cese (Zellelektrophysiologie Simulationsumgebung) ist ein umfassender Rahmen, der speziell für die Durchführung von rechen elektrophysiologischen Simulationen entwickelt wurde, beispielsweise Simulationen der kardiaren Myozyten-elektrischen Aktivität. CESE ist nützlich für Simulationen von Aktionspotenzialen, individuellen Ionenströmen und Änderungen in ionischen Konzentrationen.De ist ein plattformübergreifendes Programm, und es wird auf einem beliebigen System ausgeführt, das Java Runtime-Umgebung (JRE) Version 1.5 (5.0) oder höher hat. Es wurde auf Macos X, Windows, Linux, Solaris und AIX getestet, ist eine integrierte Umgebung zur Durchführung von Rechensimulationen mit einer Vielzahl von elektrophysiologischen Modellen. Diese Stufe CEE ermöglicht die Erstellung und Ausführung der Einzelzellenmodelle (enthaltend beide Hodgkin -Huxley (HH) und markovianische aktuelle Formulierungen). Modelle der elektrischen Aktivität von Herz-Myozyten mit Quellcode sind in der Cese-Distribution enthalten. Wir hoffen, die Anzahl der verfügbaren Modelle auszudehnen, und fügen Sie in der Zukunft bestimmte neuronale Modelle hinzu. Die Hauptstärke der CESE ist in seiner Einheitlichkeit - eine Programmschnittstelle bleibt für verschiedene Modelle gleich. Sie können leicht zwischen den Modellen wechseln und Simulationsprogramme vergleichen. Modellparameter können modifiziert, für Ausgabe ausgewählt und / oder geklemmt in gleicher Weise, Standard-Art und Weise, die die herkömmliche elektrophysiologische Bedeutung der "Spannungsklemme" erstreckt. Sie können praktisch jede Modellvariable einschließen, einschließlich Spannung (Membranpotential), insgesamt oder einzelne ionische Ströme, ionische Konzentrationen, Temperatur, Gatingvariablen usw. Die Spannbefehle können komplexe stückweise Funktionen sein, die individuell für die Zinsengröße eingestellt sind . Dies eröffnet endlose Möglichkeiten für die Erkundung komplexer Modellverhaltens. TEE bietet einfache, aber effiziente Datenvisualisierungen. Simulationsergebnisse können in den grafischen und tabelligen Formularen dargestellt werden. Grundstücke können angepasst werden, und zwar von Zinsenzinsen, obwohl CESE nicht als Datenanalyse-Tool konzipiert wurde, können Sie Stromspannungsbeziehungen (I-vs) erstellen und statistische Parameter für ein bestimmtes Signal innerhalb des Programms berechnen. Sie können Ihre Daten in ASCII, ASF-Textdatei (ATF) exportieren, und NetCDF-Formate, um die Analyse in Ihrem Lieblings-Paket fortzusetzen. Was ist neu in dieser Version: · GUI hinzugefügt, um Plottypen zu ändern. 4 Plottypen sind verfügbar: Zeile, Symbol, Histogramm und Säule. Ausgabe . (Sm) · Begrüßungsbildschirm hinzugefügt (derzeit auf Cese-Umfrage eingestellt). (Sm) · Leerzeichen unter bestimmten Bedingungen festgelegt. (Sm) · Feste Sperrrekordmaßnahmen, die nicht gesperrt bleiben. (Sm) · Verbesserte Leistung in der Plot-Legende. (Sm) · Änderung des Standardverzeichnissports in Windows in "Meine Dokumente / CESE-1.4". (Sm)

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