Toebuilder3d. Eine freie Ansicht für Genausdrücke
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Toebuilder3d. Ranking & Zusammenfassung

Toebuilder3d. Stichworte

Aussicht Ausdruck Gen Genexpression. Gen-Viewer Expression Viewer

Toebuilder3d. Beschreibung

Eine freie Ansicht für Genausdrücke Treebuilder3d ist ein freier und offener Quelle, interaktiver Viewer, der die Organisation von Sage und anderen Arten von Genexpressionsdaten wie Microarrays in hierarchische Dendrogramme oder phenetische Netzwerke (der Begriff "Phenetic 'verwendet, der als Analyse verwendet wird, die in der phylogenetischen Analyse verwendet werden BY SYSTEM BIOLOGIE) .Treebuilder3D kann als visuelle Beihilfe verwendet werden, wenn Unterschiede in Expressionsprofilen von SAGE-Bibliotheken analysiert werden, dient als Alternative zu VENN-Diagrammen. Mit TreeBuilder3D ist es möglich, die Expressionsdaten in das Format von einfachen Textdateien zu laden Erstellen Sie ein hypothetisches baumähnliches Diagramm, das "evolutionales" Beziehungen zwischen verschiedenen Datensätzen (z. B. Sage-Bibliotheken) beschreibt. Solche Diagramme können eine Idee über die hierarchische Organisation von Genexpressionsdaten ergeben, und ermöglichen es Ihnen, verschiedene Expressionsprofile (dargestellt durch Sage-Bibliotheken oder Microarray-Experimente) mit unterschiedlichen Zellstattern oder Zwischenstufen eines Erscheinens (z. B. Krebs) zuzusetzen. Die Gruppierung Der Algorithmus von treebuilder3d ähnelt denen, die in anderen Clustering-Verfahren verwendet werden, die in der Regel Pearson und andere Metriken verwenden, um die ähnlichen Ausdrucksprofile zu gruppieren. Im Gegensatz zu ihnen visualisiert TreeBuilder3D nicht nur die Gruppierung, sondern auch die relativen Entfernungen zwischen Datensätzen und präsentiert das Wissen darüber, wie "Fars" oder wie "Schließen" -Spressionsprofile zueinander sind. Da es mit den Daten in 3D in 3D arbeitet, entfernt Treebuilder3D effizient die Einschränkungen des 2D-Raums, wodurch die Möglichkeit besteht, ordnungsgemäß skalierte Entfernungen zwischen Datasets anzuzeigen. Anforderungen: · Java 1.4 oder höher

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