Snopcgh -Programm, das aufgebaut ist, um genomische Hybridisierungsdaten zu visualisieren und zu vergleichen
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Snopcgh Ranking & Zusammenfassung

Snopcgh Stichworte

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Snopcgh Beschreibung

Programm erteilt, um genomische Hybridisierungsdaten zu visualisieren und zu vergleichen SNOOPCGH ist eine kostenlose und Open-Source-Java-Desktop-Anwendung, die zum Visualisieren und Erkundern vergleichender Genom-Hybridisierungsdaten (CGH) aufgebaut ist. Mit SNOOPCGH kann der Benutzer mehrere Datensätze gleichzeitig analysieren, um gleichzeitig mehrere Daten zu analysieren. Der Eingang basiert auf einem Tab-, Raum- oder Komma-getrennten Format, der eine Reihe von Protokollintensitätswerten enthält, die einem oder mehreren Vergleichen oder Samples entsprechen. Unbegrenzter Zoom (in beiden Achsen), die mit der Maus interaktiv erkundet werden können. Die Verwendung mehrerer Ebenen, die gestapelt und kombiniert werden können, erleichtert die Visualisierung der Daten. Es ist möglich, mehrere Layer an eine Handlung aufzutragen, um die CGH-Verhältnisse zu filtern oder statistische Analysen in interessierenden Regionen durchzuführen. Analysethemen wurden implementiert und ermöglichen die schnelle Visualisierung und Dissektion der mutmaßlichen strukturellen Schwankungen (SVS). Insbesondere werden Daten mit einem Algorithmus auf Basis von Haar-Wavelets geglättet, und die Inseln potenzieller SVS werden mit SW-Array geschätzt. Ein leistungsfähiges Merkmal von SNOOPCGH ist seine Fähigkeit, mit herunterladbaren Anmerkungsdateien (z. B. EMBL) von genomischen Browsern zu verbundenen, darunter Informationen zu den Gennamen und genomischen Funktionen (z. B. GC-Inhalt). Der Benutzer hat eine visuelle Darstellung der Anmerkungen am Fuße des Diagramms und kann leicht auf detaillierte Textinformationen zugreifen, indem Sie auf sie oder mit der Textsuche klicken. Direkte Links zu den wichtigsten genomischen Browsern sind integriert. Anforderungen: · Java 1.6 oder höher

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