Siegel SE-AL - Anwendung zum Erstellen mehrerer Sequenzausrichtungen aus Nukleotid- und Aminosäuresequenzen
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Aminosäure ausrichten Sequenzaligner Nukleotide align Nucleotidsequenz Aminosäure ausrichten

Siegel Beschreibung

SE-AL - Anmeldung zum Erstellen mehrerer Sequenzausrichtungen von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen SE-AL ist eine Anwendung zum Erstellen mehrerer Sequenzausrichtungen aus Nukleotid- und Aminosäuresequenzen. Im Moment führt es keine automatischen Ausrichtung aus, ist jedoch für die Herstellung von Handausrichtungen und zur Herstellung von Handausrichtungen und zur Herstellung von Eingabe für Ausrichtungsprogramme wie Clustal- und Phylogeny-Rekonstruktionsprogramme wie Phylip und PAUP.SE-AL ist besonders nützlich, um Protein-kodierende DNA zu manipulieren / RNA-Sequenzen Im Moment werden Nexus, Phylip, Mega, NBRF, FASTA, GDE und GDE flache Formate unterstützt. Einige dieser Formate sind entweder unzuverlässig, da das Format nicht gut definiert ist oder ich nicht gestört werden konnte. E-Mail mit Dateien, die nicht importieren können. · Für Nukleotidsequenzen von Protein-codierenden Genen kann der Benutzer frei zwischen drei Modus wechseln: Nukleotide - Bearbeiten Sie die Ausrichtung auf dem Niveau von Einzelbasen, Codons - Bearbeiten Sie die Ausrichtung von Codons in einem Leserahmen und Translation - Bearbeiten der Ausrichtung der miteinander verdeckten Aminosäuren, die unter Verwendung verschiedener genetischer Codes übersetzt wurde (Bearbeitung in diesem Modus wird tatsächlich an den ursprünglichen Nukleotidsequenzen durchgeführt, die die Ausrichtung von Aminosäuren ermöglicht, jedoch den Export der Endausrichtung als Nukleotid). Das Schalten von Leserahmen, Umkehrung und Komplementierung kann alle unabhängig von jeder Reihenfolge erfolgen und rückgängig gemacht werden. · Ausrichtungen können bearbeitet werden, indem Sie einen Sequenzblock auswählen und relativ zu den anderen Sequenzen schieben. Lücken öffnen sich hinter dem Block. Diese Änderungen können rückgängig gemacht werden. · Sequenzen und ihre Etiketten können in einem separaten Fenster bearbeitet werden. Rohsequenzen können auch aus anderen Quellen (z. B. Genbank-Textdateien und E-Mail) in dieses Fenster eingefügt werden. Räume, Formatier- und Nicht-Sequenz-Zeichen (z. B. Zahlen) werden automatisch entfernt. · Eine Konsenssequenz kann über der Ausrichtung angezeigt werden. · Ausrichtungen werden in einem Binärformat gespeichert, das eine schnelle Öffnung und die Erhaltung von Transformationen (dh Leselahmen, Komplementierung oder Übersetzung), die verwendet wurden. · Schneiden, kopieren und fügen Sie ganze Sequenzen oder Abschnitte der Ausrichtung innerhalb und zwischen Ausrichtungsdokumenten ein. Kopieren und einfügen zwischen SE-AL- und anderen Anwendungen im Nexus-Format. · Drag & Drop-Sequenzen, Ausrichtungen und Regionen zwischen Fenstern oder anderen Anwendungen im Nexus-Format. · Suchen Sie nach Motiv oder Region, die einer bestimmten Sequenz ähnlich ist (im Moment sehr primitiv) ).

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