SAM-Werkzeuge Ein flexibles generisches Format zum Speichern der Nukleotidsequenzausrichtung
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SAM-Werkzeuge Beschreibung

Ein flexibles generisches Format zum Speichern der Nukleotidsequenzausrichtung SAM (Sequenzausrichtung / Karte) ist ein flexibles generisches Format zum Speichern der Nukleotidsequenzausrichtung. SAM-Tools bieten effiziente Dienstprogramme zur Manipulation von Ausrichten im SAM-Format. Hier sind einige wichtige Funktionen von "SAM-Tools": · Ist flexibel genug, um alle von verschiedenen Ausrichtprogrammen erzeugten Ausrichtsinformationen zu speichern; · Ist einfach genug, um leicht durch Ausrichtprogramme erzeugt zu werden oder von vorhandenen Ausrichtungsformaten umgewandelt; · Ist kompakt in der Dateigröße; · Erlaubt die meisten Operationen an der Ausrichtung, an einem Bach zu arbeiten, ohne die gesamte Ausrichtung in den Gedächtnis zu laden; · Ermöglicht die Indizierung der Datei, die von der genomischen Position indiziert werden soll, um alle Lesegeräte effizient abzurufen, die an einem Ort ausgerichtet sind. Was ist neu in dieser Version: · Samtools ist stärker mit der Spezifikation: a) '*' in der · Qual-Feld ist erlaubt; b) Der Feldabscheider ist nur Tabulator und Speicherplatz · Wird als Zeichen in einem Feld behandelt; c) leerer Header ist erlaubt. · Implementierte Glfv3-Unterstützung im Pileup. · Ein schwerer Fehler in Fixmate behoben: Stranginformationen sind falsch · Überschrieben · Ein Fehler im Abrufabruf behoben: Ausrichtungen überbrücken N * 16384BP · Manchmal nicht richtig abgerufen. · Ein Fehler in RMDUP behoben: SEGFAULT, wenn weggeordnete Lesegeräte vorhanden sind. · Verschieben Sie Indel_Filter.pl auf samtools.pl und verbessert die Filterung von · Überprüfen der tatsächlichen Anzahl von Angreisen, die Indels enthalten. Der Indel · Die Pileup-Linie wird auch ein wenig verändert, um diese Filtration einfacher zu gestalten. · Ein kleinerer Fehler in der Indexierung behoben: Die Bin-Nummer eines unbegrenzten Leseblatts ist · Falsch berechnet. · "Flagstat-Befehl hinzugefügt, um Statistiken auf dem Flag-Feld anzuzeigen. · Verbesserter Indel-Anrufer, indem Sie die maximale Fenstergröße in lokal einstellen · Neuausrichtung. Änderungen in anderen Dienstprogrammen: · Ein Fehler in MaQ2SAM behoben: Ein Tag-Name ist obsolet. · Verbesserung des WGSIM: a) Unterstützung für feste Lessimulation hinzugefügt; · B) Zeigen Sie die Anzahl der Substitutionen / Indanzel / Fehler im Read Name; · C) Erheblicher Code aufräumen. · Verschiedene Konverter: Verbesserte Funktionalität im Allgemeinen. · Aktualisiert das Beispiel SAM aufgrund des vorherigen Fehlers in Fixmate.

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