Rennatch
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Rennatch Ranking & Zusammenfassung

Rennatch Stichworte

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Rennatch Beschreibung

RNA-Sekundärstrukturen ausrichten und RNA-Motive finden RSMATCH ist ein freies und einfach zu verwendendes Paket, das einen leichten Ansatz zur Vergleitung von RNA-Strukturen bereitstellt, um dadurch Funktionsstrukturelemente aufzudecken. Verglichen mit anderen Werkzeugen für den RNA-Strukturvergleich ist RSMATCH schnell und erfordert eine quadratische Zeit, die durch die Größen von zwei gegebenen Strukturen bestimmt wird. Rsmatch verwendet zwei Scoring-Systeme, d. H. Position unabhängige und positionsabhängige Systeme. Die positionsunabhängige Schema umfasst zwei Scoring-Matrizen, eines für einsträngige Regionen und die andere für doppelsträngige Regionen. Dieses Bewertungsschema wird in zweiteren Vergleiche und Datenbanksuchen verwendet. Das in Position abhängige Schema, auch als Profil bekannt, erzielt individuelle Strukturpositionen und wird von den Suchfunktionen mehrerer Strukturausrichtungs- und iterativen Datenbankfunktionen verwendet. Rsmatch bietet sowohl globale als auch lokale Ausrichtungsoptionen, obwohl letztere in den meisten Fällen nützlicher ist. Darüber hinaus kann RSMATCH Musterbasierte Strukturen als input annehmen.note: SOEM-Beispiele sind hier verfügbar. Anforderungen: · Java

Rennatch Zugehörige Software