RFLP-Planer. RFLP-Planer - Finden Sie Restriktionsenzyme, die helfen, bekannte Homolog-DNA-Sequenzen zu unterscheiden
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RFLP-Planer. Ranking & Zusammenfassung

RFLP-Planer. Stichworte

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RFLP-Planer. Beschreibung

RFLP-Planer - Finden Sie Restriktionsenzyme, die helfen, bekannte Homolog-DNA-Sequenzen zu unterscheiden RFLP-Planer ist eine Open Source-App, mit der Sie ein RFLP-Experiment planen können: Es findet Restriktionsenzyme, die einen Satz von Homolog-DNA-Sequenzen auf verschiedene Arten schneiden und das resultierende Gel-Elektrophorese-Bild simuliert. Der RFLP-Planer sollte platformunabhängig sein, wird jedoch nur auf Mac OS X getestet. Hilft Ihnen, die entscheidenden Restriktionsenzyme zu finden, die die Bevölkerung charakterisieren. Mit der Elektrophorese-Simulation ist es leicht, die Restriktionsenzyme zu wählen, die den besten Polymorphismus auf dem GEL zeigen. Ein wichtiges Keyword ist Biodiversität. Das Programm ist in Perl geschrieben, verwendet einige Module von Bioperl und der GD-Bibliothek. RFLP-Planer sollte platformunabhängig sein, wird jedoch nur auf Mac OS X getestet. Jedes Bild mit einem Molekulargewichtsmarker. Jedes Restriktionsenzym ein Schlitz. · Die Auswertung erfolgt mit der gesamten Bioperl-Restriktionsenzymdatenbank, aber gewünschte Enzyme können auch hinzugefügt werden (Enzymenname oder Restriktion ^ Site) · Isoshizomer werden nicht für Berechnungen verwendet (erscheint jedoch in den resultierenden Fragmenten.txt) · Sequenzen können auf dieselbe Länge getrimmt werden oder nicht, aber für die Gelimage werden die ursprünglichen Sequenzen verwendet. (BIOperl) · Missbrauch des Programms zum Schneiden von Primer-Sequenzen einer Reihe von Sequenzen: 1. Importieren Sie in einer Sequenz-Primer-Sequenz manuell 2. Importieren Sie alle Sequenzen (FASTA) 3. Wählen Sie: Trimm = 1, Align_Format = 'FASTA' · Automatische Entfernen Schlechte Ausrichtungssequenzen · Wählen Sie wählbarer Bereich der durchsuchten Restriktionsenzyme (4, 6, .. -BP-Cutter) · Automatische Umkehrkomplementsequenzen (funktioniert nicht für eine große Anzahl von SEQ; Wenn es nicht funktioniert, versuchen Sie es mit weniger Sequenzen, Exoprt-Ausrichtung in FASTA , Tritt einem ... bei ll-Sequenzen erneut, berechnen Sie das Ganze)

RFLP-Planer. Zugehörige Software