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Bietet einen einfachen Zugriff auf Nifti-Bilder von in Python Pynifti verwendet swig-erzeugte Wrapper für die Nifti-Referenzbibliothek und bietet die Niftiimage-Klasse für den Zugriff auf den Python-Stil auf das Bilddaten.nifti ist ein neues Datenformat für das neue Analyse-Stil, das vom Nifti-Datenformat-Arbeitsgruppe als "kurzfristig vorgeschlagen wird Messen Sie, um den Inter-Betrieb von funktionalen MRI-Datenanalyses-Softwarepaketen zu erleichtern ". Inzwischen sind eine Reihe von Toolkits nifti-bewusst (z. B. FSL, Afni, SPM, Freesurfer und A bis zu einem gewissen Grad auch Brainvoyager). Darüber hinaus ermöglicht DicomNifti die direkte Konvertierung von DICOM-Bildern in das Nifti-Format. Während Pynifti noch nicht vollständig ist (dh nicht alles, was die C-Bibliothek tun kann, kann Ihnen bereits Zugriff auf die wichtigsten Merkmale des LibniftiO bereitgestellt werden Funktionen und Nifti-1-Datenformat.note: Pynifti wird entwickelt, zur Verfügung gestellt und unter den Bedingungen der MIT-Lizenz lizenziert. Hier sind einige wichtige Funktionen von "Pynifti": · Pynifti kann jedes von LibNiftIO unterstützte Dateiformat lesen und schreiben. Dies beinhaltet Nifti (Single and Pairs) sowie Analysieren von Dateien, sowohl in gzippn-Versionen. · Pynifti bietet einen schnellen und bequemen Zugriff auf die Bilddaten über NUMPY-Arrays. Auf diese Weise können Benutzer Bilddaten mit den meisten (falls nicht alle) numerische Routinen für Python verarbeiten. Das NUMPY-Array verwendet automatisch einen Datentyp, der den NIFTI-Bilddaten entspricht. Es wird kein unnötiger Upcasting durchgeführt. · Pynifti bietet den vollständigen Lese- und Schreibzugriff auf die Nifti-Header-Daten. Header-Informationen können in ein Python-Wörterbuch exportiert werden und können auch mithilfe von Informationen aus einem Wörterbuch aktualisiert werden. · Neben dem Zugriff auf NIFTI-Daten aus Dateien kann Pynifti Nifti-Bilder von NUMPY-Arrays erstellen. Die entsprechende Nifti-Header-Informationen werden aus den Array-Eigenschaften ermittelt. Zusätzliche Header-Informationen können optional angegeben werden - so können Sie nifti-Bilder bei Bedarf einfach, jedoch mit geringfügigen Modifikationen klonen. · Die meisten Eigenschaften von NIFTI-Bildern sind über Attribute und / oder Zugriffsfunktionen der NIFTIIMAGE zugänglich. Inter-abhängige Eigenschaften werden bei Bedarf automatisch aktualisiert (z. B. das Ändern der Q-Form-Matrix aktualisiert auch die PixDim-Eigenschaften und die Quaternionsdarstellung). · Alle Eigenschaften sind über Python-Style-Datentypen zugänglich: Eine 4x4-Matrix ist ein Array, das nicht 16 einzelnen Nummern ist. · Pynifti sollte sich umrundlich schnell sein. Bilddaten werden bei Bedarf nur in den Speicher geladen. Wenn Sie einfach eine Nifti-Datei öffnen, um auf einige Header-Daten zuzugreifen, wird mit praktisch keinen Verzögerung unabhängig von der Größe des Bildes durchgeführt. Wenn die Bildgröße oder Datentyp-Konvertierung nicht durchgeführt werden muss, können die Bilddaten vom NIFTI-Bild gemeinsam genutzt werden und auf numpy-Arrays zugreifen, und der Speicher wird daher nicht mit redundanten Kopien der Bilddaten verschwendet. Man sollte jedoch darauf achten, eine Kopie der Bilddaten vorzunehmen, wenn Sie die Größe und die Größe der Bilddaten (siehe DocString der niftiimage.asarray () -Methode) erstellen möchten. · Zusätzlich kann Pynifti nicht auf unkomprimierte NIFTI-Dateien zugreifen oder Dateien analysieren, indem er über das MEMMAP-Arrays von NUMPY-MEMMAP-ARRAYS zugreifen kann. In diesem Modus ist es möglich, vorhandene Dateien jeder Größe zu modifizieren, ohne zuerst in den Speicher laden zu müssen. Was ist neu in dieser Version: · Diese Version ist der erste in einer Serie, in dem sich der API stabilisiert und schließlich in Pynifti 1.0 mit voller Unterstützung des Nifti1-Standards ergibt. · Das gesamte Paket wurde umstrukturiert. Das mitgelieferte Umbenennung `nifti.nifti (Bild, Format, CLIBS)` to `nifti. (Bild, Format, CLIBS)`. Umleitungsmodule Vergewissern Sie sich, dass der vorhandene Benutzercode nicht brechen, aber sie erstellen eine Abschreibungswarning und wird mit der Freigabe von Pynifti 1.0 entfernt. · Eine spezielle Erweiterung hinzugefügt, die ein serialisierbares Python-Objekt in den Nifti-Datei-Header einbetten kann. Der Inhalt dieser Erweiterung wird auf Anforderung auf Anforderung in das Attribut `.Meta` von jeder NFTIMIMAGE automatisch erweitert. Beim Speichern von Dateien zur Festplatte wird der Inhalt des Wörterbuchs automatisch in diese Erweiterung abgeladen. Embedded Metadaten werden nicht automatisch geladen, da dies Sicherheitsauswirkungen hat, da der Code aus dem Dateiheader tatsächlich ausgeführt wird. Die Dokumentation erwähnt dieses Risiko ausdrücklich. · Hinzugefügt: Klasse: ~ nifti.Extensions.niftiextensionen`. Dies ist ein containerähnlicher Handler, um Zugriff auf Nifti1-Header-Erweiterungen zuzugreifen und manipulieren. · Exponiert: Klasse: ~ nifti.image.mhemgappediftiImage "Im Root-Modul. · Verschoben: FUNC: ~ nifti.utils.cropimage` in das: mod: ~ nifti.utils` module. · Ab sofort wird SPHINX zur Erzeugung der Dokumentation verwendet. Dies beinhaltet eine Modulreferenz, die diese alte API-Referenz ersetzt. · Hinzugefügte Methoden: meth: ~ nifti.format.niftiformat.vx2q` und: meth: ~ nifti.format.niftiformat.vx2s ', um Voxel-Indizes in die durch QForm definierten Koordinaten umzuwandeln, die durch QForm oder Sformen definiert sind. · Aktualisieren der Werte von `cal_min` und` cal_max` im Nifti-Header beim Speichern einer Datei ist jetzt bedingt, ist jedoch standardmäßig aktiviert. · Vollständige Menge von Methoden zur Abfrage und Änderung von Achseneinheiten. Dazu gehört das Erweiterung des vorherigen `xyzt_units`-Felds im Header-Wörterbuch in editierbare` xyz_unit` und `time_unit` Felder. Das frühere `xyzt_units`-Feld ist nicht mehr verfügbar. · Vollständige Menge von Methoden zum Abfragen und Herstellen von QForm- und SForm-Codes. · Jede Bildinstanz ist jetzt in der Lage, einen human-lesbaren Abzug seiner wichtigsten Headerinformationen über "__str __ ()" zu erstellen. ·: Klasse: ~ ~ nifti.image.niftiimage` Objekte können jetzt eingelegt werden. · Wechsel auf NUMPY'S Distututils, um das Paket zu bauen. Gereinigt und vereinfacht den Build-Verfahren. Optimierungsflaggen zum SWIG-Anruf hinzugefügt. ·: Attr: `nifti.image.niftiimage.fileName kann jetzt auch verwendet werden, um einen Dateinamen zuzuordnen. · Einführung: Daten: `nifti .__ Version__ als kanonische Versionszeichenfolge. · Entfernen `updateQFormFromQuarternion ()` aus der Liste der öffentlichen Methoden von: Klasse: ~ nifti.Format.niftiformat`. Dies ist eine interne Methode, die nicht im Benutzercode verwendet werden soll. Eine Weiterleitung zur neuen Methode bleibt jedoch bis Pynifti 1.0 an Ort · Bugfix :: Meth: ~ ~ nifti.image.niftiImage.getscaleddata` Gibt ein nicht modifiziertes Datenanschluss zurück, wenn `Slope` auf Null eingestellt ist (nach Bedarf vom Nicki-Standard). Dank Thomas Ross für die Berichterstattung. · Bugfix: Unicode-Dateinamen werden jetzt ordnungsgemäß behandelt, solange sie keine Pure-Unicode-Zeichen enthalten (da die Nifti-Bibliothek sie nicht unterstützt). Danke an GA? L Varoquaux, um dieses Problem zu melden.

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