Puma ein Werkzeug für Bayesian-Analyse der partitionierten Modell-Angemessenheit
Jetzt downloaden

Puma Ranking & Zusammenfassung

Puma Stichworte

analysieren Analyse Bayesian Bayesian Analysis.

Puma Beschreibung

PUMA ist eine Java-basierte Anwendung, die die Angemessenheit von phylogenetischen Modellen der Sequenzentwicklung in einem Bayesian-Kontext unter Verwendung einer hinteren Vorhersagesimulation beurteilt. Es wurde gezeigt, dass die Genauigkeit der Bayesian-phylogenetischen Schlussfolgerung unter Verwendung von molekularen Daten von der Verwendung von ordnungsgemäßen Modellen der Sequenzentwicklung abhängt. Bei der Auswahl des besten Modells, das von einem Alternativerpool verfügbar ist, ist in statistischer Phylogenetik zur Standard-Praxis geworden, die Beurteilung der Angemessenheit des ausgewählten Modells ist selten. Die Programme für Bayesian Phylogenetische Inferenz haben kürzlich begonnen, Modelle der Sequenzentwicklung umzusetzen, die für die Heterogenität in Bezug auf Standorte berücksichtigt, aber kein Programm besteht, um die Angemessenheit dieser Modelle zu beurteilen. PUMA implementiert einen posterior vorhersagenden Simulationsansatz zur Beurteilung der Angemessenheit von partitionierten, nicht gestarteten und gemischten Modellen der DNA-Sequenzentwicklung in einem bayesarischen Kontext. Die Beurteilung der Modellangemessenheit ermöglicht es empirischen Phylogenetikern, ein angemessenes Vertrauen in ihre Ergebnisse zu haben und die Bemühungen theoretischer Phylogenetiker bei der Verbesserung der Modelle der Sequenzentwicklung zu leiten.

Puma Zugehörige Software