Pdb2pqr. Eine automatisierte Pipeline für das Setup, die Ausführung und Analyse von POISSON-Boltzmann-Elektrostatikberechnungen
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Pdb2pqr. Ranking & Zusammenfassung

Pdb2pqr. Stichworte

Konvertieren PDB PDF-Konverter PDB nach PQR. Proteindatei konvertieren Protein-Datei.

Pdb2pqr. Beschreibung

Eine automatisierte Pipeline für den Aufbau, Durchführung und Auswertung der Poisson-Boltzmann-Berechnungen Elektrostatik PDB2PQR ist eine Open Source und freie Paket Python Software, dass viele automates der gemeinsamen Aufgaben von Strukturen für Kontinuumselektro Berechnungen vorbereitet, ein plattformunabhängiges Dienstprogramm bietet für die Umwandlung von Protein-Dateien im PDB-Format zu PQR format.These Aufgaben gehören: eine begrenzte Hinzufügen Anzahl von schweren Atomen zu biomolekularer Strukturen fehlen · Ermittlung Seitenkette pKas · Platzieren Wasserstoffe · Optimierung des Proteins für günstige Wasserstoffbindung fehlt · Ladungs- und Radius Parametrieren von einer Vielzahl von Kraftfeldern Anforderungen: · Python Was ist neu in dieser Version: Neue Eigenschaften: · Aktualisiert html / Master-index.html, gelöschte html / index.php. · Aktualisiert pydoc von genpydoc.sh läuft. · Eine Leerzeichen Option hinzugefügt durch Leerzeichen zwischen Atom Namen und Rest Namen, zwischen x und y, und zwischen y und z stellen. · Added Radius für Chlor in ligff.py. · Added PEOEPB Kraftfeld, Daten zur Verfügung gestellt von Paul Czodrowski. · Aktualisiert inputgen.py, um das elektrostatische Potential für APBS Eingabedatei zu schreiben. · Aktualisiert CHARMM.DAT mit zwei Sätzen von Phosphoserin Parameter. · Erlaubten Aminosäureketten mit nur einem Rückstand, mit --assign-only-Option. · Aktualisiert server.py.in so dass die Ligand Option auch in usage.txt aufgezeichnet wird. · Aktualisiert HE21, HE22 Koordinaten in GLN nach den Ergebnissen von AMBER Leap-Programm. · Aktualisierte Makefile.am mit Manuel Prinz-Pflaster (entfernt distclean2 und seinen Inhalt auf distclean-local angehängt). · Aktualisiert configure.ac, pdb2pqr-opal.py; AppService_client.py und AppService_types.py mit Samir Unni die Änderungen aufgenommen, die in Aufrufen Opal Dienste früher Probleme behoben. · Applied zwei Patches von Manuel Prinz zu pdb2pka / pMC_mult.h und pdb2pka / ligand_topology.py. · Aktualisiert PARSE.DAT mit der Quelle der Parameter. · Einen contrib Ordner mit numpy-1.1.0-Paket erstellt. PDB2PQR wird numpy standardmäßig installiert werden, wenn eine der folgenden Bedingungen erfüllt ist: a. Arbeitsversion von NumPy dectected von autoconf. B. Der Benutzer fordert keine Installation mit --disable-pdb2pka Option. C. Der Benutzer legt externe NumPy Installation. · Zusammengeführt Samir Unni Niederlassung. Jetzt PDB2PQR Opal und APBS Opal Dienste verfügbar sind (durch --with-Opal und / oder --with-apbs, --with-apbs-Opal-Optionen an configure Stufe). · Zusätzliche Fehlerbehandlung für den Rückstand Namen länger als 4 Zeichen. · Aktualisiert hbond.py mit Mike Bradley Definitionen für ANGLE_CUTOFF und DIST_CUTOFF standardmäßig. · Entfernte PyXML-0.8.4, die nicht für ZSI Installation erforderlich ist. · Aktualisierte propka Fehlermeldung für make adv-Test - propka erfordert eine Version von Fortran-Compiler. · Aktualisiert na.py und PATCHES.xml so dass PDB2PQR Griffe drei RNA-Rückstand Namen beschrifteten (ADE, CYT, GUA, THY und URA) als auch. · Aktualisiert NA.xml mit HO2' als Alternative Namen für H2 hinzugefügt , und H5" hinzugefügt als Alternative Namen für H5 . · Aktualisierte Versionsnummern in html / und doc / pydoc /. · Aktualisiert Webserver. Wenn benutzerdefinierte Datei Kraftfeld aus dem Web-Server auswählen, sollten die Nutzer auch .names Datei zur Verfügung stellen. · Entfernte http://enzyme.ucd.ie/Services/pdb2pqr/ von Web-Server-Liste. · Die Notwendigkeit für Protein eliminiert, wenn andere Arten der Verarbeitung (Liganden, Nukleinsäuren). · Aktualisierte psize.py mit Robert Konecny Patch inkonsistent Zuordnung von feinen Gitterzahlen zu beheben in einigen (sehr) seltenen Fällen. · Aus Leerzeichen Option für beiden Befehlszeilen und Web-Server-Versionen. · Aktualisierte inputgen_pKa.py mit der neuesten Version. Fehlerbehebung: · Es wurde ein Legacy-Fehler mit dem Web-Server (Web-Server nicht wie Ligand-Dateien erzeugt unter Windows oder alten Mac OS-Plattformen). · Ein Fehler wurde in configure.ac behoben, so dass PDB2PQR nicht mehr überprüft Numpy.pth bei configure Bühne. · Aktualisiert pdb2pka / substruct / Makefile.am. · Feste isBackbone Fehler in definitions.py. · Ein Fehler wurde behoben für Carbon Rückstände in hydrogens.py. · Einen Fehler wird in routines.py behoben, die Wasserstoff hinzugefügt in LEU und ILE in ekliptischer Konformation verursacht, anstatt gestaffelt. · Ein Fehler wurde in configure.ac behoben, jetzt ist es OK, um configure mit Doppelschrägstriche in dem Präfix Pfad, zum Beispiel prefix = / foo / bar // anderen / Pfad. · Ein Fehler wurde behoben in der Nukleinsäure-Namensschema. · Ein Fehler wurde behoben MET beteiligt, GLY als Nterm, CTERM mit --ffout Option. · Ein Fehler wurde behoben für PRO als C-Terminus mit PARSE Kraftfeld. · Ein Fehler wurde behoben für ND1 in HIS als hacceptor. · Feste der --clean Option Fehler. · Ein Fehler wurde behoben in CHARMM- Benennungsschema. · Ein Fehler in test.CPP des einfachen Tests (der mit den jüngsten Änderungen der 1AFs in der Proteindatenbank zusammenhängt).

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