Padel-Deskriptor. berechnet molekulare Deskriptoren und Fingerabdrücke
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Padel-Deskriptor. Ranking & Zusammenfassung

Padel-Deskriptor. Stichworte

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Padel-Deskriptor. Beschreibung

Berechnet molekulare Deskriptoren und Fingerabdrücke Padel-Deskriptor ist eine Java-Software, die molekulare Deskriptoren und Fingerabdrücke berechnen kann. Padel-Deskriptor berechnet derzeit 404-Deskriptoren (2701D, 2D-Deskriptoren und 1343D-Deskriptoren) und 7 Arten von Fingerabdrücken (der aktuelle Standard berechnet nur den PUBCHEM-Set von Fingerabdrücken). Die Deskriptoren und Fingerabdrücke werden unter Verwendung des Chemieentwicklungskits mit einer internen Ergänzung für elektrotopologische Deskriptoren berechnet.Esage: · Wählen Sie das Verzeichnis aus, das die Strukturdateien der Moleküle enthält. Die häufigsten Dateiformate (z. B. MDL MOL, SMILES, PDB) werden unterstützt, aber das empfohlene Dateiformat ist MDL MOL. · Wählen Sie eine Datei aus, um die berechneten Deskriptoren zu speichern. Die Deskriptoren werden im Comma Separated Value (CSV) -Dateiformat gespeichert. Die erste Zeile ist die Kopfzeile. Nachfolgende Zeilen enthalten die berechneten Deskriptoren für ein Molekül pro Zeile. Die erste Spalte ist der Name des Moleküls, der entweder aus der Strukturdatei oder aus der Autogenerated erhalten wird (wird mit AutoGen_ gefolgt vom Dateinamen vorangestellt). Nachfolgende Spalten sind die Deskriptoren für die Moleküle. · Überprüfen Sie die Option "1D und 2D", wenn Sie 1D- und 2D-Deskriptoren berechnen möchten. · Überprüfen Sie die Option "3D", wenn Sie 3D-Deskriptoren berechnen möchten. · Überprüfen Sie die Option "Fingerabdrücke" Wenn Sie Fingerabdrücke berechnen möchten. · Überprüfen Sie die Option "Salz entfernen", wenn Sie Salze wie NA, CL vom Molekül entfernt, vor der Berechnung der Deskriptoren entfernen möchten. Es ist besser, Salze aus dem Molekül mit eigenen Mitteln zu entfernen, als sich auf diese Software zu verlassen, um den Job zu erledigen. · Überprüfen Sie die Option "Wasserstoff hinzufügen", wenn Sie explizite Hydrogene hinzufügen möchten, die von einigen Deskriptor-Berechnungsalgorithmen erforderlich sind, die erforderlich sind. vor der Berechnung von Deskriptoren. Es ist besser, explizite Hydrogene mit Ihren eigenen Mitteln hinzuzufügen, als sich auf diese Software zu verlassen, um den Job zu erledigen. · Überprüfen Sie die Option "In 3D konvertieren", wenn Sie das Molekül in 3D konvertieren möchten, bevor Sie die Berechnung der Deskriptoren in 3D konvertieren möchten. Es ist besser, das Molekül in 3D mit Ihrer eigenen Mittel umzuwandeln, als sich auf diese Software zu verlassen, um den Job zu erledigen. · Geben Sie einen Wert (größer als 0) für die Option "MAX-Verbindungen pro Datei" ein, wenn Sie die maximale Anzahl einschränken möchten von Verbindungen, die in einer Deskriptordatei gespeichert werden sollen. Dies ist nützlich, um die Größe einer Deskriptordatei zu begrenzen, und kann dazu beitragen, die Verlangsamung der Deskriptorberechnung aufgrund des Schreibens neuer Deskriptorwerte in eine große Deskriptordatei zu verhindern. · Wenn Sie die Arten von Deskriptoren oder Fingerabdrücken auswählen möchten, die berechnet werden , können Sie die descriptors.xml-Datei bearbeiten, die in demselben Verzeichnis als Padel-Descriptor.jar-Datei vorhanden ist. Ändern Sie einfach das Attribut 'VALUE' von einem Deskriptor auf 'TRUE', um ihn einzuschalten, und 'FALSCH', um es auszuschalten. Diejenigen, die diese Software verwenden, die Java-Webstart verwenden, müssen Deskriptoren.xml herunterladen, bearbeiten und dann die Datei mit dem Menü "Datei-> Ladedeskriptortypen" laden. Anforderungen: · Java 1.6 oder höher Was ist neu in dieser Version: · Fehler behoben, wodurch Java-Ausnahmefehler verursacht, wenn die Datei zum Speichern von Deskriptoren keine Dateierweiterung speichert.

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