ORFPRIMER. ORFPRIMER - JAVA-Anwendung für automatische Primer-Design
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ORFPRIMER. Ranking & Zusammenfassung

ORFPRIMER. Stichworte

Reihenfolge Grundierung Primer-Design. PCR-Primer berechnen Sequenz speichern PRCR.

ORFPRIMER. Beschreibung

ORFPRIMER - JAVA-Anwendung für automatische Primer-Design OrfPrimer ist eine Java-Anwendung für das automatische Primer-Design. Es basiert auf unserer zuvor veröffentlichten Software-ORFER, die das Genbank-XML- und FASTAY-SEQUENCE-Format liest. Proteinsequenzen werden in der Regel heruntergeladen, indem einfach die GI-Kennung oder die Zugangsnummer des entsprechenden Proteinziels angegeben werden. Orfer extrahiert den offenen Leserahmen aus den angeforderten Proteinsequenzen und zeigt it.orfPrimer automatisch die PCR-Primer für diese Sequenzen berechnet. Die Handhabung von OrfPrimer ist intuitional und mit den Standardeinstellungen ziemlich einfach. Darüber hinaus bietet es viele Möglichkeiten, die Berechnungsoptionen vor und auch nach der Berechnung von Primern zu ändern, beispielsweise nach: · Verschiebung der Grundierungsposition, · Änderung der gewünschten Schmelztemperatur, · Änderung der Restriktionsseiten in den Primer-Sequenzen. Way OrfPrimer kombiniert Anpassungsfähigkeit und Komfort in einem Programm, das ein leistungsfähiges Software-Tool-Tool.orfPrimer bietet eine Datenbankschnittstelle, mit der die abgerufenen Sequenzen in einer lokalen SQL-Datenbank gespeichert werden können. Diese Datenbank kann mithilfe der Skripts des ORFPRIMER-Installationspakets eingerichtet werden. Derzeit sind MySQL, Oracle und Microsoft Access unterstützt In Java · OrfPrimer ist plattformunabhängig · ORFPrimer kann auf verschiedenen Maschinen ausgeführt werden: Windows, Linux, Mac, UNIX, ... Online-Zugänglichkeit: · Die Java-Webstart-Technologie ermöglicht das Starten von OrfPrimer über das Internet · Expliziter Download- und Installationsverfahren sind nicht notwendig. Datenverwaltung: · OrfPrimer enthält Tools, um Ihre eigene Datenbank einzurichten. · Gleichzeitig (MySQL, Oracle- und MicoSoft-Zugriff) werden unterstützt. · Alternativ können die Daten in Dateien (z. B. Fasta-Format) geschrieben werden. Hohe Durchsatz-Berechnung: · OrfPrimer CAN Es wird verwendet, um Primer für bis zu Tausende von Zielsequenzen zu berechnen. · Dieses Verfahren kann weiterhin durch Lesen der Ziele durch Textdateien automatisiert werden.

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