Molegro virtueller Docker. kostenlos herunterladen, Molegro virtueller Docker. Download auf Software - Download

Eine integrierte Plattform zum Vorhersagen von Protein-Liganden-Wechselwirkungen Molegro Virtual Docker ist eine integrierte Plattform zum Vorhersagen von Protein-Liganden-Wechselwirkungen. Molegro Virtual Docker greift alle Aspekte des Andockprozesses aus der Herstellung der Moleküle zur Bestimmung der Potentialbindungsstellen des Zielproteins und die Vorhersage der Bindungsmodi des Liganden.Moleganro virtueller Docker liefert dem Benutzer mit hochwertigem Docking Eine neuartige Optimierungstechnik, kombiniert mit einer Benutzeroberfläche Erfahrung, die sich auf Produktivität und Benutzerfreundlichkeit konzentriert. Der MOGRO Virtual Docker (MVD) wurde gezeigt, dass er eine höhere Andockgenauigkeit ergibt als andere auf dem neuesten Stand der Technik (MVD: 87%, Glide: 82%, Surflex: 75%, Flexx: 58%). HINWEIS: Um den Antrag herunterzuladen, müssen Sie eine kostenlose Testversion anfordern und den Testschlüssel des Tests speichern. Hier sind einige wichtige Funktionen von "Molegro Virtual Docker": Molekülimport und Vorbereitung: · Es ist einfach, Moleküle zu importieren und zuzubereiten. · Molekulare Strukturdateien werden in relevante Komponenten (Liganden, Cofaktoren, Wassermoleküle und Proteine) analysiert und können automatisch vorbereitet werden. · Parsing Warnungen und Fehler sind in einer praktischen Hierarchie dargestellt. · Der eingebaute Hohlraumdetektor identifiziert vielversprechende Bindungsstandorte, wodurch der Suchraum in die interessantesten Regionen einschränkt ist. · Mit einem Protonierungs-Assistenten können Sie schnell potenzielle Protonierungsziele (z. B. Histidinreste) identifizieren und ihren Protonierungszustand schnell mit einem Kontextmenü ändern. Docking: Der Docking-Prozess wird über den Docking-Assistenten verwaltet. Der Assistent ermöglicht Ihnen: · Wählen Sie aus, welche Strukturen in die Simulation einschließen können. · Wählen Sie den potentiellen Bindungsbereich (MVD wird automatisch potentielle Bindungstaschen angezeigt). · Konfigurieren Sie die Suchalgorithmus-Eigenschaften und stellen Sie die Clustering- und Datenprotokollierung ein. · Verwalten Sie zusätzliche Einschränkungen. · Inspizieren Warnungen über unwahrscheinliche Vorbereitungen und fehlende strukturelle Informationen (z. B. unbekannte Rückstände). Analyse: · Der Pose Organizer ermöglicht es Ihnen, die von der Docking-Engine zurückgegebenen Posen durchzusetzen. Es ist in der Lage, Posen von einem Docking-Lauf dynamisch zu laden, wodurch es möglich ist, Tausende von Liganden durchzusetzen. · Es ist möglich, die verschiedenen Energiebedingungen und -wechselwirkungen zu inspizieren, und es ist auch möglich, die fortschrittlicheren Reranking- und Bindungsaffinitätsmaßnahmen zu berechnen. Wasserstoffbindungen und elektrostatische Wechselwirkungen werden beim Umschalten zwischen den Posen dynamisch aktualisiert. Sequenz- und Strukturvisualisierung: · Der Sequenz-Viewer ermöglicht es Ihnen, Rückstände in einem Protein schnell zu identifizieren und auszuwählen. · Die Cartoon-Visualisierung hebt die verschiedenen Regionen der sekundären Struktur hervor. Einschränkungen: · Verschiedene Einschränkungen ermöglichen es, die Energielandschaft (z. B. durch Belohnung bestimmter Bereiche des Suchraums) zu verändern oder bestimmte Interaktionen zu zwingen oder zu verhindern, dass bestimmte Interaktionen nicht auftreten. · Einschränkungen können auf der Grundlage chemischer Eigenschaften (z. B. Wasserstoffbindungsakzeptoren oder Ringatome) definiert werden, oder für jeden Liganden können einzelne Atome festgelegt werden. Datenanalysator: · Der Datenanalysator in MVD kann Regressionsmodelle (entweder neuronale Netze oder mehrere lineare Regression) erstellen, statistische Maßnahmen extrahieren und Daten visualisieren. · Numerische Eigenschaften von angedockten Verbindungen von MVD-Docking-Läufen vorhersagen. Benutzer erstellte Modelle können direkt in den Pose Organizer angewendet werden. · Erstellen Sie Regressionsmodelle mit den importierten numerischen Deskriptoren (z. B. von Drittanbieteroftware). · Funktionsauswahl zum Finden der relevanten Deskriptoren. · Algebraic Data Transformation Plugin zum Manipulieren von Deskriptoren oder Erstellen von abgeleiteten Deskriptoren. · 1D-Plots (Histogramme), 2D-Parzellen (X-y-Parzellen) und 3D-Parzellen. · Verschiedene statistische Maßnahmen. Sidechain Flexibilität: · In MVD wird die Sidechain-Flexibilität implementiert, indem das Potential während des Andocks abgeweicht wird (durch Erhöhen der Toleranz der PLP-Potentiale oder durch Schwächung der ausgewählten Sidechnoins-Wechselwirkungen), ein diversen Set von Posen annagieren und schließlich die Sidechain-Konfigurationen optimieren. Es ist auch möglich, eine Rezeptorstruktur manuell zu minimieren. · Nachdem die Andocksimulation abgeschlossen ist, können die gefundenen Posen gleichzeitig mit ihrer passenden Rezeptorkonformation direkt in den Pose Organizer inspiziert werden. Vorlage Docking: MVD ermöglicht es, Liganden gegen Andockvorlagen anzuordnen. Ähnlich wie bei Pharmakophoren werden Vorlagen aus den relevanten chemischen Eigenschaften (wie Ladung und Wasserstoffklebungsfunktionen) aufgebaut und können von einem oder mehreren Ligandenkonformationen automatisch erzeugt werden. Vorlagen können auf verschiedene Arten verwendet werden: · Um eine Reihe von Liganden flexibel auszurichten (und eine Punktzahl für ihre Ähnlichkeit zu bestimmen). · Fokussieren oder Führung der Docking-Simulation durch Kombinieren der Template Ähnlichkeitswertung mit einer aufrezeptorbasierten Docking-Scoring-Funktion. · Um eine feinkörnige Ähnlichkeitswertung von jedem Vorlagenpunkt zu extrahieren und ein Regressionsmodell mit dem Datenanalysator (3D QSAR) zu erstellen. Andere Eigenschaften: · Läuft auf Mac (PowerPC und Intel), Linux (32-Bit und 64-Bit) und Windows-Maschinen. · Erweiterbares und anpassbares Makrosystem mit eingebautem Editor. · Anpassbare molekulare Oberflächen und Rückgratdarstellung. · Biomolekülgenerator für PDB-Dateien, die Symmetrietransformationsinformationen enthalten. · Erweiterte Textkennzeichnung für verschiedene molekulare Eigenschaften. · Online-Hilfe und automatische Überprüfung für Updates. · MVD kann mit der eigenen Skriptsprache oder von externen Skriptsprachen erkennt werden (ein Python-Wrapper ist enthalten). · Pose Modifikator zum manuellen Modifizieren von Posen. Einschränkungen: · 30 Tage Probezeit. Was ist neu in dieser Version: · Eine Implementierung der Betriebsfunktion der Anlagen, die sowohl in einem Raster als auch in einer Nicht-Grid-Version verfügbar ist. · Ein neuer Docking-Suche-Algorithmus, iteratierter Simplex mit einer optionalen adaptiven Abtaststrategie, die auf dem Ameisen-Colony-Optimierungsalgorithmus basiert. · Molegro virtuelles Gitter. Eine neue Infrastruktur zum Verteilen von Docking-Läufen. · Ein neu eingebauter Raytracer, der es ermöglicht, Publikationsqualitätsgrafiken zu erstellen. · Minor-Benutzeroberflächenverbesserungen und Fehlerbehebungen (siehe Versionshinweise für Details).

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