Macgde. A-Set von Programmen für mehrere Sequenzausrichtung und Analyse.
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Macgde. Ranking & Zusammenfassung

Macgde. Stichworte

Reihenfolge analysieren Ausrichtung Sequenzausrichtung. Sequenzanalyse Externe analyse

Macgde. Beschreibung

Eine Reihe von Programmen für mehrere Sequenzausrichtung und -analyse. MACGDE ist ein Satz von Programmen für mehrere Sequenzausrichtung und -analyse. Die Programme verwenden eine erweiterbare Benutzeroberfläche, die den Zusatz externer Analysefunktionen ohne jedes Umschreiben des Codes ermöglicht. Das System unterstützt mehrere Datentypen, Nucein- und Aminosäuresequenzen, Text- und Maskierungssequenz und drei Formen der Farb hervorheben. MACGDE verfügt über mehrere externe Analysefunktionen, die für solche Dinge als Homologieerkennung, automatisierte Ausrichtung, Suchen und phylogenetische Analyse enthalten sind. Anforderungen: · X11-Fensterumgebung. Was ist neu in dieser Version: · Die Fenstergröße festgelegt, sodass MacGDE nicht größer als der Sichtbildschirm öffnet. · "GDE-Voll- oder Basismenüs" unter dem Menü Datei hinzugefügt, so dass Benutzer GDE ohne alle Ergänzungen haben, die ich gemacht habe. Dies entfernt die Phylogeny-Menüs und viele andere Programme, die ich hinzugefügt habe. Sie können zwischen dem beiden Menü wechseln, aber Sie müssen ein neues GDE-Fenster öffnen, um die Änderungen anzuzeigen. · Änderung des Befehls des Fremd-Formatvorgangs, sodass nur die Daten aus der Datei mit der ursprünglichen Datei alleine verlässt. · Eine Kopie der Datei endet mit .gde nicht mehr. Eine Warnung wird jetzt angegeben, um sich daran zu erinnern, die Datei mit dem Befehl speichern unter ... Befehl nach dem Importieren zu nennen. · Fremdformat importieren Jetzt erkennt Clustal-Format-Dateien mithilfe von ClustalW (MACGDE anwesend sein). · Einen Ansicht Chromat-Sequenzbefehl hinzugefügt, um Chromatogramme in der Lebensdauer anzuzeigen. Dies verwendet ein Panel wie die offenen und Importbefehle, um die Datei zu lokalisieren und sie zu öffnen. · Importieren von Chromat- und Ansicht Chromat-Sequenzbefehle jetzt Griff-Leerzeichen in Verzeichnisnamen (Ordner). · Die Namen der Chromat-Dateien können jedoch keine Leerzeichen haben. · Desoete Tree-Dateien enden jetzt in .Tre, so dass Treeview X direkt öffnet. · Änderung der MR. Bayes MCMC-Einstellungen für den Konsens-Typ "Alle kompatibel". · Dies entspricht nun mit den Standardeinstellungen von Herrn Bayes und fügt oft Auflösung und Unterstützung für Knoten hinzu. · Unter PAUP wurde der Multicpu auf 2 oder 4 CPUs geändert. Da die meisten Computer jetzt 2 oder 4 CPUs haben · Ich habe die Laufoptionen geändert, sodass die Bootstraps automatisch ausgeführt werden können. Ich habe die manuelle Option entfernt. Hoffentlich macht dies allen leichter, dass jeder PAUP-Bootstraps schneller erledigt wird. · In den lokalen DNA-BLAST-Datenbanken verwalten, und verwalten Sie die lokalen DNA-BLAST-Datenbanken verwalten und verwalten Sie unter dem Sequenzverwaltungsmenü. Dadurch können Sie eine gesamte vorhandene Datenbank ersetzen. · Nützlich, wenn Sie eine Datenbank versehentlich etwas hinzugefügt haben, das Sie nicht gemeint haben. · Dies hat den gleichen Effekt wie das Löschen und die Wiederherstellen einer Datenbank, jedoch nur in einem Schritt. Hinzufügen neuer Programm: · Parallele Mr. Bayes (Phylogene 1> MRBAYES3.1.2 RUN-Optionen) Sie können einen Prozessor auswählen (dies läuft regelmäßig Mr. Bayes) oder 2 oder 4 Prozessoren (läuft PMRBayes). Sie müssen Mac OS 10.5 oder besser zum Arbeiten ausführen, um mit 2 oder 4 Prozessoren zu arbeiten. · Phyml 3.0 Unter Phylogene 2 verwendet die phylipartige Schnittstelle. · Protestest 2.1 unter Phylogenie 1 · Snap: Synonym für das Nicht-Synonym-Analyseprogramm unter dem Menü DNA / RNA. Dieses Programm berechnet auch synonyme und nicht auch Substitutionsraten basierend auf einem Satz von Codon-ausgerichteten Nukleotidsequenzen. · Synonym oder nicht auch Entfernungsbaum (SNAP) unter dem Menü Phylogeny 2. Dies verwendet Snap, um eine DS- oder DN-Distanz-Matrix zu erzeugen, die mit dem Nachbarprogramm vom Phylip-Paket analysiert werden kann, um Bäume zu erstellen. Updates für andere Programme: · BLAST ist jetzt auf Version 2.2.20 · CAP2 (Sequence Management> Contigs Contigs) wird nun den Namen der Sequenzen bis zu 50 Zeichen beibehalten. · Phylip ist jetzt auf Version 3.68

Macgde. Zugehörige Software