Macclade Macclade - Eine Software für die phylogenetische Analyse.
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Macclade Beschreibung

MacclaDe - Eine Software für die phylogenetische Analyse. MacclaDe ist ein Computerprogramm für phylogenetische Analysen, das von David Maddison und Wayne Maddison geschrieben wurde. Seine analytische Festigkeit ist in Studien an Charakter Evolution.macclade verfügt auch über Werkzeuge zur Herstellung von Baumdiagrammen und -diagrammen, indem er Daten und Phylogenies eingeben und bearbeiten. einschließlich vieler neuer Anzeigemodi und Editing-Tools. Einige davon sind allgemein, aber die Mehrheit ist für den Einsatz mit molekularen Sequenzdaten konzipiert. Hier werden wir einige von diesen erwähnen. Datenspiele · Es gibt viele Optionen, wie Daten angezeigt werden können. Hier sind zwei Beispiele. · Sie können Macclade zu Farbdatenzellen fragen, dass die Muster der Zustandsänderung deutlicher sind. · Mit proteinkodierenden Nukleotiddaten können Sie Macclade bitten, die Aminosäuresübersetzung anzuzeigen. Diese Übersetzung ist "live", in dem Sinne, dass sich in den Nukleotiden ändert, beispielsweise durch die Verwendung der Ausrichtungswerkzeuge (siehe nächster Abschnitt), sofortige Aktualisierungen an die angezeigten Aminosäuren verursachen.Tools im Editor · In Macclade 3 gibt es Nur ein Tool, das im Editor verfügbar ist: Der Pfeil. Macclade 4 hat eine Werkzeugpalette mit 17 Toolsconsensus-Sequenzen · Macclade 4 kann Konsenssequenzen berechnen und anzeigen. Es gibt mehrere Optionen für die Berechnung, sodass Sie Konsenssequenzen unterschiedlicher Anstrengung anzeigen können. · Listen Sie Windows und die Auswahl und Manipulation von Objekten auf · In MacCrade 3 gibt es ein Zeichenstatusfenster, das die Zeichen und ihre verschiedenen Eigenschaften auflistet. Dies ist das Fenster, in dem Sie die Gewichte und Arten eines Charakters ändern können. In der Macclade 4 wurde das Zeichenlistenfenster stark verbessert, und es gibt jetzt auch äquivalente Fenster für Taxa, Bäume, Gewichts-Sets, Typ-Sets, Inklusionssätze, Zeichensätze und Taxon-Sets. In diesen Fenstern können Sie diese Objekte umbenennen, neu benennen, neu ordnen, löschen und modifizieren. Hier sind drei Beispiele: Nexus Block Management · Sie können jetzt verschiedene in der Datendatei enthaltene Nexus-Blöcke manipulieren, einschließlich PAUP-Blöcke. Auf diese Weise können Sie Befehle bearbeiten, die PAUP verarbeitet, wenn sie die Datei ausführt. Aufarbeitung von Bäumen · Sie können MacclaDe fragen, um den Baum als Einschränkungsbaum auf dem Bildschirm zu speichern. Wenn Sie dies tun, speichern Sie die Datei in Macclade, und führen Sie ihn dann in PAUP * erneut aus. Die Einschränkung steht für die Verwendung mit den Such- und Filterbefehlen von PAUP zur Verfügung. ) selbst, erstellt er eine PAUP-Datei mit den erforderlichen Textbefehlen, die zur Berechnung der Zerfallsindexwerte aller Klinge auf dem Baum in Macclade-Baumfenster erforderlich sind. Wenn Sie diese Datei in PAUP ausführen, führt PAUP alle relevanten Suchen zur Berechnung von Zerfallsindizes aus. · Zeigt die Anzahl der Unsicherheiten oder Polymorphismen im Fenster der Taxonliste an.

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