MIDAS Kostenloses Microarray-Datenanalysesystem
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Entwurf Analyse Protokoll Designanalyseprotokoll Analyseprotokoll-Designer. Entwurfsprotokoll

MIDAS Beschreibung

Kostenloses Microarray-Datenanalysesystem Das Microarray-Datenanalysesystem ist eine kostenlose Java-Anwendung, die Benutzern eine intuitive Benutzeroberfläche für Designanalyseprotokolle bietet, die eine oder mehrere Normalisierungs- und Filterschritte kombinieren. Auf diese Weise können Daten aus vielen individuellen Hybridierungen gleichmäßig und reproduzierbar behandelt werden. Midas liest ".tav" -Files, die von TGR-Spotfinder erzeugt werden oder über MADAM aus der Datenbank abgerufen werden. Normalisierungsmodule umfassen eine lokal gewichtete lineare Regression (Lowness; (Cleveland und Devlin, 1988; Yang et al., 2002)) und Normalisierung der Gesamtintensität. Diese können mit Filtern verknüpft werden, einschließlich mit niedrigem Intensität, intensitätsabhängige Z-Score-Cutoffs, und repliziertes Konsistenz-Trimmen, wodurch ein hoch anpassbares Verfahren zum Vorbereiten von Ausdrucksdaten zum anschließenden Vergleich und Analyse erzeugt wird. Datenanalyse-Methoden werden mit einer intuitiven grafischen Skriptsprache erstellt und kann für die Anwendung auf andere Datensätze gespeichert werden. Midas bietet Scatterpots, die die Auswirkungen jedes Algorithmus auf die Daten veranschaulichen. Wenn die Normalisierungs- und Filterschritte abgeschlossen sind, gibt MHIDAS die Daten im TAV-Format aus. Anforderungen: · Java 1.4.1 oder höher

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