Kegg2sbml. Befehlszeilen-Dienstprogramm kann KEGG-Pathway-Datenbankdateien in SBML konvertieren
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Kegg2sbml. Ranking & Zusammenfassung

Kegg2sbml. Stichworte

Konverter Konvertieren Wandlung KEGG konvertieren KEGG-Umbau SBML-Konverter.

Kegg2sbml. Beschreibung

Das Befehlszeilen-Dienstprogramm kann KEGG-Pathway-Datenbankdateien in SBML konvertieren KEGG2SBML kann KEGG (Kyoto-Enzyklopädie von Genen und Genomen) -Anbodendatenbankdateien in SBML mit der KEGG-Liganden-Datenbank konvertieren. Die Funktionen von KEGG2SBML sind derzeit auf die Umwandlung von nur KEGG-metabolischen Pathway-Dateien und nicht anderer Arten von KEGG-Dateien. (Frühere Releases der KEGG-Pathway-Datenbank wurden nicht getestet und dürfen nicht von KEGG2SBML konvertiert werden.) KEGG2SBML kann SBML-Level 2 Version 2 und Stufe 2 Version 3 ohne Anmerkungen generieren, ohne von CellDesigner und Stufe 1 und Stufe 2 (Version 1), mit Oder ohne Annotationen Was ist neu in dieser Version: Änderungen in der Parsing-KEGG-Bahn: · KEGG-Pathway-Datenbank-Release 46.0 oder höher kann konvertiert werden. (Vergangene Releases der KEGG-Pathway-Datenbank werden möglicherweise nicht von KEGG2SBML Version 1.5.0 konvertiert.) · Eine andere Formatdatei (* .coord) wird unterstützt · Die vorhandene Formatdatei (* .conf) wird ebenfalls unterstützt. -eine Option kann verwendet werden, um dieses Format explizit zu verwenden. · * .Coord-Datei wird standardmäßig anstelle von * .conf-Datei analysiert Änderungen in der Parsing KEGG-Ligand: · Leistungsverbesserung durch Speichern einer Hash-Tabelle, um Dateien zu speichern und diese Cache-Dateien zu lesen, anstatt Lignad-Datenbankdateien zu parsen (ca. 10-mal schneller zum Analyse-Liganden-Datenbank) Änderungen schriftlich SBML: · SBML-Stufe 2 Version 2 und Stufe 2 Version 3 werden unterstützt. (Derzeit werden CellDesigner-Anmerkungs-Tags nicht mit dieser SBML-Ebene / -version unterstützt.) Optionen hinzugefügt: · '-R': Parse Ligand-Datenbankdateien anstelle von Binär-Cache-Dateien im selben Verzeichnis. (Standardeinstellung: Cache-Dateien lesen (* .bin)) · "-O": Parse * .conf-Dateien anstelle von * .coord-Dateien, wenn ein Verzeichnisname als Argument angegeben ist oder eine Option eingestellt ist. (Standardeinstellung: Parse * .coord-Dateien) · Kgml wird nicht mehr von dieser Version verwendet. · Andere kleinere Verbesserungen und Korrekturen.

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