Kain stochastische Simulationen für chemische Kinetik
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Kain Beschreibung

Stochastische Simulationen für chemische Kinetik Kain führt stochastische und deterministische Simulationen chemischer Reaktionen durch. Es kann mehrere Simulationsprozesse spawn, um Multi-Core-Computer zu verwenden. Cain speichert Modelle, Simulationsparameter und Simulationsergebnisse (Populationen und Reaktionszählungen) in einem XML-Format. Darüber hinaus können SBML-Modelle importiert und exportiert werden. Sie können die Modelle und Simulationsparameter aus Eingabedateien lesen, oder Sie können sie innerhalb des Programms bearbeiten. Die unten gezeigte GUI (grafische Benutzeroberfläche) ist in Python geschrieben und verwendet das WXPYTHON-Toolkit. Die Löser werden als ausführbare Befehlszeile implementiert, die in C ++ geschrieben wurden, die von Kain angetrieben werden. Dies macht es einfach, Batch-Jobs zu starten. Es vereinfacht auch den Prozess des Hinzufügens neuer Löser. Kain bietet eine Vielzahl von Löser an: · Gillespie's Direct-Methode. · Gillespies erster Reaktionsmethode. · Gibson und Bruck's Next Reaktionsmethode. · Tau-Springen. · Hybrid-Direkt- / Tau-Springen. · ODE-Integration. Hinweis: Cain ist lizenziert und verteilt unter den Bedingungen der BSD-Lizenz. Anforderungen: · Python · WxPython. · MATPLOTLIB. Was ist neu in dieser Version: · Verbesserte Benutzeroberfläche und das Hilfemenü. Fehler bei der Aufzeichnung der Histogrammausgabe behoben.

Kain Zugehörige Software