Jcat.
Jetzt downloaden

Jcat. Ranking & Zusammenfassung

Jcat. Stichworte

Reihenfolge sich anpassen Sequenzanalyse Codon-Usagre anpassen. Organismsequenz Codon-Nutzung.

Jcat. Beschreibung

Passt die Codon-Nutzung an, um prokaryotische Organismen zu sequenzieren JCAT ist ein kostenloses Programm, das eine einfache Methode darstellt, um die Codon-Nutzung an die meisten sequenzierten prokaryotischen Organismen und ausgewählten eukaryotischen Organismen anzupassen. Die Codon-Anpassung spielt eine wichtige Rolle in Fällen, in denen ausländische Gene in Hosts ausgedrückt werden, und die Codon-Nutzung des Gastgebers unterscheidet sich von der des Organismus, in der das Gen stammt. Unladed-Codons im Host können beispielsweise zu einer geringfügigen Expressionsrate führen. Die Anpassung basiert auf CAI-Werten, die von PM Sharp et.al vorgeschlagen werden. Die CAI-Werte wurden durch Anwenden eines Algorithmus von einem Carbon et berechnet. al Die eukaryotischen Genome der Maus und des Menschen enthalten verschiedene Arten von Vorspannungen entlang der Chromosomen und der Algorithmus eignet sich nicht perfekt für dieses Problem. Die Ergebnisse in diesem Feld sollten mit Sorgfalt behandelt werden. Die mittlere Codon-Nutzung für einen bestimmten Organismus wurde durch Summieren aller CAI-Werte aller Gene dieses Organismus (mit Ausnahme von Genen ohne Aminosäuresequenz, z. B. RNAs) umsummiert, von der Anzahl der Gene eingereicht. Diese Daten werden auch in der grafischen Ausgabe der Codon-Anpassung dargestellt. Anforderungen: · Java 1.4 oder höher

Jcat. Zugehörige Software